Pipeline will not fail if version is the same.

Wrong package name given in 'setup.cfg' is now fixed.

.devcontainer/Dockerfile

@@ -0,0 +1,11 @@
+FROM mcr.microsoft.com/devcontainers/anaconda:1-3
+
+# Copy environment.yml (if found) to a temp location so we update the environment. Also
+# copy "noop.txt" so the COPY instruction does not fail if no environment.yml exists.
+COPY environment.yml* .devcontainer/noop.txt /tmp/conda-tmp/
+RUN if [ -f "/tmp/conda-tmp/environment.yml" ]; then umask 0002 && /opt/conda/bin/conda env update -n base -f /tmp/conda-tmp/environment.yml; fi \
+    && rm -rf /tmp/conda-tmp
+
+# [Optional] Uncomment this section to install additional OS packages.
+# RUN apt-get update && export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive \
+#     && apt-get -y install --no-install-recommends <your-package-list-here>

.devcontainer/devcontainer.json

@@ -0,0 +1,35 @@
+// For format details, see https://aka.ms/devcontainer.json. For config options, see the
+// README at: https://github.com/devcontainers/templates/tree/main/src/anaconda
+{
+	"name": "Anaconda (Python 3)",
+	"build": { 
+		"context": "..",
+		"dockerfile": "Dockerfile"
+	},
+	"customizations": {
+		"vscode": {
+			"extensions": [
+				"ms-python.debugpy",
+				"ms-python.python",
+				"ms-python.vscode-pylance",
+				"ms-python.black-formatter",
+				"ms-python.flake8"
+			]
+		}
+	}
+
+	// Features to add to the dev container. More info: https://containers.dev/features.
+	// "features": {},
+
+	// Use 'forwardPorts' to make a list of ports inside the container available locally.
+	// "forwardPorts": [],
+
+	// Use 'postCreateCommand' to run commands after the container is created.
+	// "postCreateCommand": "python --version",
+
+	// Configure tool-specific properties.
+	// "customizations": {},
+
+	// Uncomment to connect as root instead. More info: https://aka.ms/dev-containers-non-root.
+	// "remoteUser": "root"
+}

.devcontainer/noop.txt

@@ -0,0 +1,3 @@
+This file copied into the container along with environment.yml* from the parent
+folder. This file is included to prevents the Dockerfile COPY instruction from 
+failing if no environment.yml is found.

.gitignore

@@ -1,5 +1,21 @@
-# Created by https://www.toptal.com/developers/gitignore/api/python,visualstudiocode
-# Edit at https://www.toptal.com/developers/gitignore?templates=python,visualstudiocode
+# File created using '.gitignore Generator' for Visual Studio Code: https://bit.ly/vscode-gig
+# Created by https://www.toptal.com/developers/gitignore/api/visualstudiocode,linux,python,venv,virtualenv
+# Edit at https://www.toptal.com/developers/gitignore?templates=visualstudiocode,linux,python,venv,virtualenv
+
+### Linux ###
+*~
+
+# temporary files which can be created if a process still has a handle open of a deleted file
+.fuse_hidden*
+
+# KDE directory preferences
+.directory
+
+# Linux trash folder which might appear on any partition or disk
+.Trash-*
+
+# .nfs files are created when an open file is removed but is still being accessed
+.nfs*
 
 ### Python ###
 # Byte-compiled / optimized / DLL files
@@ -173,6 +189,22 @@ poetry.toml
 # LSP config files
 pyrightconfig.json
 
+### venv ###
+# Virtualenv
+# http://iamzed.com/2009/05/07/a-primer-on-virtualenv/
+[Bb]in
+[Ii]nclude
+[Ll]ib
+[Ll]ib64
+[Ll]ocal
+[Ss]cripts
+pyvenv.cfg
+pip-selfcheck.json
+
+### VirtualEnv ###
+# Virtualenv
+# http://iamzed.com/2009/05/07/a-primer-on-virtualenv/
+
 ### VisualStudioCode ###
 .vscode/*
 !.vscode/settings.json
@@ -192,9 +224,9 @@ pyrightconfig.json
 .history
 .ionide
 
-# End of https://www.toptal.com/developers/gitignore/api/python,visualstudiocode
+# End of https://www.toptal.com/developers/gitignore/api/visualstudiocode,linux,python,venv,virtualenv
+
+# Custom rules (everything added below won't be overriden by 'Generate .gitignore File' if you use 'Update' option)
 
 output
-.vscode
-input_fasta.fasta
-gene_list.csv
+envs

.vscode/launch.json

@@ -0,0 +1,26 @@
+{
+    // Use IntelliSense to learn about possible attributes.
+    // Hover to view descriptions of existing attributes.
+    // For more information, visit: https://go.microsoft.com/fwlink/?linkid=830387
+    "version": "0.2.0",
+    "configurations": [
+        {
+            "name": "Splitter Single Gene with Translation",
+            "type": "python",
+            "request": "launch",
+            "program": "${workspaceFolder}/splitmsa/splitmsa.py",
+            "args": [
+                "${workspaceFolder}/tests/resources/test_msa-shortened.fa",
+                "--gene-list",
+                "${workspaceFolder}/tests/resources/gene_list.csv",
+                "-C",
+                "-E",
+                "DEBUG",
+                "--do-translate",
+                "--gen-cut-stop-codon"
+            ],
+            "console": "integratedTerminal",
+            "justMyCode": true
+        }
+    ]
+}

.vscode/settings.json

@@ -0,0 +1,5 @@
+{
+    "python.formatting.provider": "black",
+    "python.linting.flake8Enabled": true,
+    "python.linting.enabled": true
+}

Jenkinsfile

@@ -0,0 +1,42 @@
+pipeline {
+    agent {
+        kubernetes {
+            cloud 'Reslate Systems'
+            defaultContainer 'conda'
+        }
+    }
+    stages {
+        stage("install") {
+            steps {
+                sh 'conda update conda -y -q'
+                sh 'conda env update -n base --file environment.yml'
+            }
+        }
+        stage("build") {
+            steps {
+                sh "conda run -n base python -m build"
+            }
+        }
+        stage("test") {
+            steps {
+                sh "conda run -n base pip install dist/*.whl"
+                sh "conda run -n base splitmsa -h"
+            }
+        }
+        stage("archive") {
+            steps {
+                archiveArtifacts artifacts: 'dist/*.tar.gz, dist/*.whl'
+            }
+        }
+        stage("publish") {
+            when {
+                branch '**/master'
+            }
+            steps {
+                withCredentials([usernamePassword(credentialsId: 'rs-git-package-registry-ydeng', passwordVariable: 'PASS', usernameVariable: 'USER')]) {
+                    sh returnStatus: true, script: 'conda run -n base python -m twine upload --repository-url https://git.reslate.systems/api/packages/${USER}/pypi -u ${USER} -p ${PASS} --non-interactive --disable-progress-bar --verbose dist/*'
+                }
+            }
+        }
+    }
+}

README.md

@@ -1,3 +1,28 @@
-# MSA Splitter
+# SplitMSA
 
 Simple FASTA file splitter. Capable of batch trimming a large amount of sequences in the form of a MSA in a FASTA file.
+
+## Features
+
+ - Split large fasta files that contain a multiple sequence alignment (MSA) into individual genes 
+ - Trim off stop codon
+ - Batch process multiple genes from one MSA
+ - Correct gene start and stop locations based on start and stop codon location
+ - Catalogues errors that occurred in human-readable CSV file
+ 
+## Planned
+ 
+ - Translate MSA into amino acids while maintaining alignment (shows type of mutation if frameshift)
+ - Simple to use GUI
+ - Run without system-wide python install
+
+## Use
+
+### Command Line
+
+1. Install python 3
+2. Install `biopython`
+    - Using `pip`: `pip install biopython` or `pip3 install biopython`
+    - Using `conda`: ` conda install -c conda-forge biopython`
+3. Download `msa_splitter.py` and run with `python3 msa_splitter.py`
+    - `python3 msa_splitter.py -h` for help 

environment.yml

@@ -0,0 +1,9 @@
+name: splitmsa
+channels:
+  - conda-forge
+dependencies:
+  - build=0.7.0
+  - pytest=7.2.2
+  - twine
+  - biopython=1.81
+  - python=3.9

pyproject.toml

@@ -0,0 +1,3 @@
+[build-system]
+build-backend = "setuptools.build_meta"
+requires = ["setuptools", "wheel"]

requirements.txt

@@ -1 +0,0 @@
-Bio==1.5.6

setup.cfg

@@ -0,0 +1,12 @@
+[metadata]
+name = splitmsa
+version = 0.0.4
+
+[options]
+packages = splitmsa
+install_requires =
+    biopython ==1.81; python_version == "3.9"
+
+[options.entry_points]
+console_scripts =
+    splitmsa = splitmsa.splitmsa:main

setup.py

@@ -0,0 +1,3 @@
+from setuptools import setup
+
+setup()

splitmsa/splitmsa.py

@@ -12,6 +12,7 @@ from logging import debug, error, info, warning
 import logging
 import os
 from Bio import SeqIO, SeqRecord
+from Bio.Seq import Seq
 import csv
 
 
@@ -25,7 +26,7 @@ def read_genes_from_csv(batch_genes_csv_path: str):
                 csv_header = list(row)
             else:
                 gene_name = row[csv_header.index("Gene")]
-                gene_start = int(row[csv_header.index("Start")]) - 1
+                gene_start = int(row[csv_header.index("Start")])
                 gene_end = int(row[csv_header.index("End")])
                 genes.append((gene_name, gene_start, gene_end))
     return genes
@@ -49,10 +50,9 @@ def write_to_file(
     aa_suffix: str,
     nt_sequence_records: list,
     nt_no_stop_sequence_records: list,
-    aa_sequence_records: list = None,
-    aa_no_stop_sequence_records: list = None,
+    aa_sequence_records: list = [],
+    aa_no_stop_sequence_records: list = [],
 ):
-
     output_path = os.path.abspath(output_dir)
     if not os.path.isdir(output_dir):
         os.makedirs(output_path)
@@ -65,6 +65,7 @@ def write_to_file(
         ),
         "fasta",
     )
+    if len(nt_no_stop_sequence_records):
         SeqIO.write(
             nt_no_stop_sequence_records,
             os.path.join(
@@ -74,7 +75,7 @@ def write_to_file(
             "fasta",
         )
 
-    if aa_sequence_records:
+    if len(aa_sequence_records):
         SeqIO.write(
             aa_sequence_records,
             os.path.join(
@@ -86,7 +87,7 @@ def write_to_file(
             "fasta",
         )
 
-    if aa_no_stop_sequence_records:
+    if len(aa_no_stop_sequence_records):
         SeqIO.write(
             aa_no_stop_sequence_records,
             os.path.join(
@@ -104,14 +105,29 @@ STOP_CODONS = {"TAG", "TAA", "TGA"}
 START_CODON = "ATG"
 
 
-def trim(start: int, end: int, gen_cut_stop_codon: bool, msa_records, correction_range=16):
-
+def trim(
+    start: int,
+    end: int,
+    gen_cut_stop_codon: bool,
+    perform_translation: bool,
+    msa_records,
+    correction_range=16,
+):
+    tru_start = start - 1
     nt_sequence_records = []
     nt_no_stop_sequence_records = []
     aa_sequence_records = []
     aa_no_stop_sequence_records = []
+    problems = []
 
-    debug(f"Beginning sequence trimming for {start} - {end}.")
+    skip_translation = False
+    debug(f"Beginning sequence trimming for {tru_start} - {end}.")
+    if (end - tru_start) % 3 != 0:
+        skip_translation = True
+        warning(
+            f"Skipping translating for {tru_start} - {end} due to length not being a "
+            "multiple of 3..."
+        )
     for s_record in msa_records:
         record_metadata = (
             s_record.id,
@@ -125,20 +141,28 @@ def trim(start: int, end: int, gen_cut_stop_codon: bool, msa_records, correction
         found_start_codon = False
         start_shift = 0
         for i in range(correction_range):
-            if s_record.seq[start + i: start + i + 3] == START_CODON:
+            if s_record.seq[tru_start + i : tru_start + i + 3] == START_CODON:
                 found_start_codon = True
                 start_shift = i
                 break
-            if s_record.seq[start - i: start - i + 3] == START_CODON:
+            if (
+                not found_start_codon
+                and s_record.seq[tru_start - i : tru_start - i + 3] == START_CODON
+            ):
                 found_start_codon = True
                 start_shift = -i
                 break
         if not found_start_codon:
-            warning(
-                f"Could not find start codon for region {start} - {end} with sequence ID {s_record.id}. Continuing without shift...")
-        if start_shift != 0:
-            warning(
-                f"Start codon was not found at expected location for region {start} - {end} with sequence ID {s_record.id}. Correcting start location to {start + start_shift}")
+            problems.append([start, end, s_record.id, "Could not find start codon"])
+        if found_start_codon and start_shift != 0:
+            problems.append(
+                [
+                    start,
+                    end,
+                    s_record.id,
+                    "Corrected start codon to " f"{tru_start + start_shift}",
+                ]
+            )
 
         end_shift = 0
         found_stop_codon = False
@@ -147,73 +171,127 @@ def trim(start: int, end: int, gen_cut_stop_codon: bool, msa_records, correction
                 found_stop_codon = True
                 end_shift = i
                 break
-            if s_record.seq[end - i - 3: end - i] in STOP_CODONS:
+            if (
+                not found_stop_codon
+                and s_record.seq[end - i - 3 : end - i] in STOP_CODONS
+            ):
                 found_stop_codon = True
                 end_shift = -i
                 break
         if not found_stop_codon:
-            warning(
-                f"Could not find stop codon for region {start} - {end} with sequence ID {s_record.id}. Continuing without shift...")
-        if end_shift != 0:
-            warning(
-                f"Stop codon was not found at expected location for region {start} - {end} with sequence ID {s_record.id}. Correcting end location to: {end + end_shift}.")
-        nt_sequence = s_record.seq[start +
-                                   start_shift: end + end_shift]  # Cropping step
-        nt_no_stop_sequence = s_record.seq[start +
-                                           start_shift: end - 3 + end_shift]
-        nt_sequence_records.append(
-            SeqRecord.SeqRecord(nt_sequence, *record_metadata))
+            problems.append([start, end, s_record.id, "Could not find stop codon"])
+        if found_stop_codon and end_shift != 0:
+            problems.append(
+                [
+                    start,
+                    end,
+                    s_record.id,
+                    "Corrected stop codon to " f"{end + end_shift}",
+                ]
+            )
+
+        nt_sequence = s_record.seq[
+            tru_start + start_shift : end + end_shift
+        ]  # Cropping
+        nt_sequence_records.append(SeqRecord.SeqRecord(nt_sequence, *record_metadata))
+        if gen_cut_stop_codon:
+            nt_no_stop_sequence = s_record.seq[
+                tru_start + start_shift : end - 3 + end_shift
+            ]
             nt_no_stop_sequence_records.append(
                 SeqRecord.SeqRecord(nt_no_stop_sequence, *record_metadata)
             )
 
-        if gen_cut_stop_codon:
+        if perform_translation and not skip_translation:
+            if "-" in nt_sequence:
+                sequence_with_ambiguity = []
+                for codon_in_sequence in range(0, len(nt_sequence), 3):
+                    codon = nt_sequence[codon_in_sequence : codon_in_sequence + 3]
+                    if "-" in codon and codon != "---":
+                        sequence_with_ambiguity.extend(codon.replace("-", "N"))
+                    else:
+                        sequence_with_ambiguity.extend(codon)
+                sequence_with_ambiguity = Seq("".join(sequence_with_ambiguity))
+                aa_sequence = sequence_with_ambiguity.translate()
+            else:
                 aa_sequence = nt_sequence.translate()
-            aa_no_stop_sequence = nt_no_stop_sequence.translate()
-
             aa_sequence_records.append(
                 SeqRecord.SeqRecord(aa_sequence, *record_metadata)
             )
-
+            if gen_cut_stop_codon:
+                aa_no_stop_sequence = aa_sequence[:-1]
                 aa_no_stop_sequence_records.append(
                     SeqRecord.SeqRecord(aa_no_stop_sequence, *record_metadata)
                 )
         debug(f"Trimming for {s_record.id} complete.")
-    debug(f"Sequence trimming for {start} - {end} complete.")
+    debug(f"Sequence trimming for {tru_start} - {end} complete.")
     return (
         nt_sequence_records,
         nt_no_stop_sequence_records,
         aa_sequence_records,
         aa_no_stop_sequence_records,
+        problems,
     )
 
 
-def main(args):
-    logging.basicConfig(level=args.log_level.upper())
+def log_problems(gene: str, problems: list[list[str]]):
+    for start, end, id, desc in problems:
+        warning(f"{gene} ({start} - {end}) of {id}: {desc}")
 
+
+def output_as_csv(gene: str, problems: list[list[str]], output_path: str):
+    header = ["Start", "End", "Sequence ID", "Problem"]
+    with open(output_path, "w") as problem_csv_fd:
+        writer = csv.writer(problem_csv_fd)
+        writer.writerow(header)
+        writer.writerows(problems)
+
+
+def run(args):
     msa_records = list(read_msa_file(args.input))
     info(f"MSA records read complete. Found {len(msa_records)} records.")
     genes = []
     if args.gene_list:
         genes = read_genes_from_csv(args.gene_list)
-        info(
-            f"Gene list read from {args.gene_list} resulted in {len(genes)} genes.")
+        info(f"Gene list read from {args.gene_list} resulted in {len(genes)} " "genes.")
     else:
         if args.gene_name and args.start and args.end:
             genes.append([args.gene_name, args.start, args.end])
             info(
-                f"Extracting {args.gene_name} starting at {args.start} to {args.end}.")
+                f"Extracting {args.gene_name} starting at {args.start} to "
+                f"{args.end}."
+            )
         else:
             raise Exception(
-                "Need either a gene list by --gene-list or a start and end via --start, and --end respectively."
+                "Need either a gene list by --gene-list or a start and end "
+                "via --start, and --end respectively."
             )
     for gene_name, start, end in genes:
+        info(f"Started on gene {gene_name} ({start} - {end})")
         (
             nt_sequence_records,
             nt_no_stop_sequence_records,
             aa_sequence_records,
             aa_no_stop_sequence_records,
-        ) = trim(start, end, args.gen_cut_stop_codon, msa_records, correction_range=args.correction_range)
+            problems,
+        ) = trim(
+            start,
+            end,
+            args.gen_cut_stop_codon,
+            args.do_translate,
+            msa_records,
+            correction_range=args.correction_range,
+        )
+        if len(problems) > 0:
+            warning(
+                f"There were {len(problems)} problems " f"during trimming {gene_name}!"
+            )
+        if args.catalogue_problems:
+            output_as_csv(
+                gene_name,
+                problems,
+                os.path.join(args.output_dir, f"{gene_name} - problems.csv"),
+            )
         write_to_file(
             args.output_dir,
             gene_name,
@@ -227,12 +305,12 @@ def main(args):
             aa_sequence_records,
             aa_no_stop_sequence_records,
         )
-        info(f"Extracted gene sequence for {gene_name} ({start} - {end})")
+        info(f"Completed gene {gene_name} ({start} - {end})")
 
 
-if __name__ == "__main__":
+def main():
     parser = argparse.ArgumentParser(
-        prog="msa_splitter",
+        prog="splitmsa",
         description="""
             The MSA splitter is a simple program that takes in two positions
             and a MSA file and produces two separate FASTA files
@@ -301,7 +379,7 @@ if __name__ == "__main__":
         """,
         required=False,
         default=False,
-        action="store_true"
+        action="store_true",
     )
 
     parser.add_argument(
@@ -337,13 +415,22 @@ if __name__ == "__main__":
         default="aa",
     )
 
+    parser.add_argument(
+        "-A",
+        "--do-translate",
+        help="Attempts to translate all nucleotide sequences to amino acid sequences.",
+        required=False,
+        action="store_true",
+    )
+
     parser.add_argument(
         "--correction-range",
         "-R",
-        help="The number of offsets in terms of nucleotides to try in both directions to correct start and stop codons before giving up.",
+        help="The number of offsets in terms of nucleotides to try in both "
+        "directions to correct start and stop codons before giving up.",
         type=int,
         required=False,
-        default=9
+        default=9,
     )
 
     parser.add_argument(
@@ -352,7 +439,22 @@ if __name__ == "__main__":
         help="The verbosity of the program.",
         type=str,
         required=False,
-        default="INFO"
+        default="INFO",
     )
 
-    main(parser.parse_args())
+    parser.add_argument(
+        "-C",
+        "--catalogue-problems",
+        help="Generates a CSV for each gene listing the problems that "
+        "occurred during trimming.",
+        required=False,
+        action="store_true",
+    )
+
+    args = parser.parse_args()
+    logging.basicConfig(level=args.log_level.upper())
+    run(args)
+
+
+if __name__ == "__main__":
+    main()

tests/resources/gene_list.csv

@@ -0,0 +1,7 @@
+Gene,Start,End
+ORF1ab,266,21555
+ORF1a,266,21555
+S,21563,25384
+ORF3a,25393,26220
+M,26523,27191
+E,26245,26472

tests/resources/test_msa-shortened.fa

@@ -0,0 +1,750 @@
+>ref|NC_045512.2|  [completeness=complete] [organism=Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2] [isolate=Wuhan-Hu-1] [nat_host=Homo sapiens] [gb_acronym=SARS-CoV-2] [gcode=1] [country=China] [collection_date=Dec-2019] Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome.
+ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAA
+AATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGG
+ACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTT
+CGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGC
+CTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACAT
+CTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAA
+ACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTC
+GTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAG
+AACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGA
+TCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACG
+GAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTA
+GCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCG
+TGAACATGAGCATGAAATTGCTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAAT
+TGGCAAAGAAATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAA
+CCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCACCAAATGAATG
+CAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCAGACGGGCGATTTTGTTAAAG
+CCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACTACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTT
+GTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAGGACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGG
+CTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCGCACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACA
+AGTGTGCCTATTGGGTTCCACGTGCTAGCGCTAACATAGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGT
+CTTAATGACAACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGA
+GATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGATTATAAAGCAT
+TCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAGGTGCCTGGAATATTGGTGAA
+CAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCGTGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCT
+TGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCCGCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGA
+GACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTGATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTT
+GTTCAGTTGACTTCGCAGTGGCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGA
+AGAGAAGTTTAAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAA
+TTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGTAAATAAATTT
+TTGGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTAGGTGAAACATTTGTCACGCA
+CTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCCTACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAA
+TTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTTAACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCA
+TTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAAGCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGA
+AATCAAAGACACAGAAAAGTACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCACACTCAAAGGCGGTG
+CACCAACAAAGGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTT
+GATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAAATGAGTTCGC
+CTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTATCTGAATTACTTACACCACTGGGCATTGATTTAGATG
+AGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTTAAATTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTCTAC
+CCTCCAGATGAGGATGAAGAAGAAGGTGATTGTGAAGAAGAAGAGTTTGAGCCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGA
+AGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATTTGGTGCCACTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATT
+GGTTAGATGATGATAGTCAACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATT
+GTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTT
+AAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTA
+ATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAGTT
+GAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAGTTGTGTTTTAAGCGGACACAATCTTGCTAA
+ACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGTGAAGACATTCAACTTCTTAAGAGTGCTTATGAAAATTTTA
+ATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTATTATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTCTTTAAGAGTTTGT
+GTAGATACTGTTCGCACAAATGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTTCAAGCTTTTTGGA
+AATGAAGAGTGAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTTATAACTGAAAGTA
+AACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAATCAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAACAACTCTGGAAGAA
+ACTAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCAGATTCTGCCACTCTTGTTAG
+TGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGCTG
+TGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATTAT
+ATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGC
+CTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGC
+TTGCACATGCAGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTGTGTGGAAACTAAAGCCATAGTTTCAACTATACAGCGTAAA
+TATAAGGGTATTAAAATACAAGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACCAGTAAAACAACTGTAGC
+GTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTATGTAACACATGGCTTAAATT
+TGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCCAGCTACAGTTTCTGTTTCTTCACCTGATGCTGTTACAGCG
+TATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCTAAAACACCTGAAGAACATTTTATTGAAACCATCTCACTTGCTGGTTCCTATAA
+AGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACAACTAGGTATAGAATTTCTTAAGAGAGGTGATAAAAGTGTATATTACACTA
+GTAATCCTACCACATTCCACCTAGATGGTGAAGTTATCACCTTTGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTG
+AGGACTATTAAGGTGTTTACAACAGTAGACAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGGACATGTCAATGACATATGGACA
+ACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTACTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGTAAAACATTTT
+ATGTTTTACCTAATGATGACACTCTACGTGTTGAGGCTTTTGAGTACTACCACACAACTGATCCTAGTTTTCTGGGTAGG
+TACATGTCAGCATTAAATCACACTAAAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAATGGTTTAACTTCTATTAAATGGGCAGATAA
+CAACTGTTATCTTGCCACTGCATTGTTAACACTCCAACAAATAGAGTTGAAGTTTAATCCACCTGCTCTACAAGATGCTT
+ATTACAGAGCAAGGGCTGGTGAAGCTGCTAACTTTTGTGCACTTATCTTAGCCTACTGTAATAAGACAGTAGGTGAGTTA
+GGTGATGTTAGAGAAACAATGAGTTACTTGTTTCAACATGCCAATTTAGATTCTTGCAAAAGAGTCTTGAACGTGGTGTG
+TAAAACTTGTGGACAACAGCAGACAACCCTTAAGGGTGTAGAAGCTGTTATGTACATGGGCACACTTTCTTATGAACAAT
+TTAAGAAAGGTGTTCAGATACCTTGTACGTGTGGTAAACAAGCTACAAAATATCTAGTACAACAGGAGTCACCTTTTGTT
+ATGATGTCAGCACCACCTGCTCAGTATGAACTTAAGCATGGTACATTTACTTGTGCTAGTGAGTACACTGGTAATTACCA
+GTGTGGTCACTATAAACATATAACTTCTAAAGAAACTTTGTATTGCATAGACGGTGCTTTACTTACAAAGTCCTCAGAAT
+ACAAAGGTCCTATTACGGATGTTTTCTACAAAGAAAACAGTTACACAACAACCATAAAACCAGTTACTTATAAATTGGAT
+GGTGTTGTTTGTACAGAAATTGACCCTAAGTTGGACAATTATTATAAGAAAGACAATTCTTATTTCACAGAGCAACCAAT
+TGATCTTGTACCAAACCAACCATATCCAAACGCAAGCTTCGATAATTTTAAGTTTGTATGTGATAATATCAAATTTGCTG
+ATGATTTAAACCAGTTAACTGGTTATAAGAAACCTGCTTCAAGAGAGCTTAAAGTTACATTTTTCCCTGACTTAAATGGT
+GATGTGGTGGCTATTGATTATAAACACTACACACCCTCTTTTAAGAAAGGAGCTAAATTGTTACATAAACCTATTGTTTG
+GCATGTTAACAATGCAACTAATAAAGCCACGTATAAACCAAATACCTGGTGTATACGTTGTCTTTGGAGCACAAAACCAG
+TTGAAACATCAAATTCGTTTGATGTACTGAAGTCAGAGGACGCGCAGGGAATGGATAATCTTGCCTGCGAAGATCTAAAA
+CCAGTCTCTGAAGAAGTAGTGGAAAATCCTACCATACAGAAAGACGTTCTTGAGTGTAATGTGAAAACTACCGAAGTTGT
+AGGAGACATTATACTTAAACCAGCAAATAATAGTTTAAAAATTACAGAAGAGGTTGGCCACACAGATCTAATGGCTGCTT
+ATGTAGACAATTCTAGTCTTACTATTAAGAAACCTAATGAATTATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTCAT
+GGTTTAGCTGCTGTTAATAGTGTCCCTTGGGATACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTTTTCTTAACAAAGTTGTTAGTAC
+AACTACTAACATAGTTACACGGTGTTTAAACCGTGTTTGTACTAATTATATGCCTTATTTCTTTACTTTATTGCTACAAT
+TGTGTACTTTTACTAGAAGTACAAATTCTAGAATTAAAGCATCTATGCCGACTACTATAGCAAAGAATACTGTTAAGAGT
+GTCGGTAAATTTTGTCTAGAGGCTTCATTTAATTATTTGAAGTCACCTAATTTTTCTAAACTGATAAATATTATAATTTG
+GTTTTTACTATTAAGTGTTTGCCTAGGTTCTTTAATCTACTCAACCGCTGCTTTAGGTGTTTTAATGTCTAATTTAGGCA
+TGCCTTCTTACTGTACTGGTTACAGAGAAGGCTATTTGAACTCTACTAATGTCACTATTGCAACCTACTGTACTGGTTCT
+ATACCTTGTAGTGTTTGTCTTAGTGGTTTAGATTCTTTAGACACCTATCCTTCTTTAGAAACTATACAAATTACCATTTC
+ATCTTTTAAATGGGATTTAACTGCTTTTGGCTTAGTTGCAGAGTGGTTTTTGGCATATATTCTTTTCACTAGGTTTTTCT
+ATGTACTTGGATTGGCTGCAATCATGCAATTGTTTTTCAGCTATTTTGCAGTACATTTTATTAGTAATTCTTGGCTTATG
+TGGTTAATAATTAATCTTGTACAAATGGCCCCGATTTCAGCTATGGTTAGAATGTACATCTTCTTTGCATCATTTTATTA
+TGTATGGAAAAGTTATGTGCATGTTGTAGACGGTTGTAATTCATCAACTTGTATGATGTGTTACAAACGTAATAGAGCAA
+CAAGAGTCGAATGTACAACTATTGTTAATGGTGTTAGAAGGTCCTTTTATGTCTATGCTAATGGAGGTAAAGGCTTTTGC
+AAACTACACAATTGGAATTGTGTTAATTGTGATACATTCTGTGCTGGTAGTACATTTATTAGTGATGAAGTTGCGAGAGA
+CTTGTCACTACAGTTTAAAAGACCAATAAATCCTACTGACCAGTCTTCTTACATCGTTGATAGTGTTACAGTGAAGAATG
+GTTCCATCCATCTTTACTTTGATAAAGCTGGTCAAAAGACTTATGAAAGACATTCTCTCTCTCATTTTGTTAACTTAGAC
+AACCTGAGAGCTAATAACACTAAAGGTTCATTGCCTATTAATGTTATAGTTTTTGATGGTAAATCAAAATGTGAAGAATC
+ATCTGCAAAATCAGCGTCTGTTTACTACAGTCAGCTTATGTGTCAACCTATACTGTTACTAGATCAGGCATTAGTGTCTG
+ATGTTGGTGATAGTGCGGAAGTTGCAGTTAAAATGTTTGATGCTTACGTTAATACGTTTTCATCAACTTTTAACGTACCA
+ATGGAAAAACTCAAAACACTAGTTGCAACTGCAGAAGCTGAACTTGCAAAGAATGTGTCCTTAGACAATGTCTTATCTAC
+TTTTATTTCAGCAGCTCGGCAAGGGTTTGTTGATTCAGATGTAGAAACTAAAGATGTTGTTGAATGTCTTAAATTGTCAC
+ATCAATCTGACATAGAAGTTACTGGCGATAGTTGTAATAACTATATGCTCACCTATAACAAAGTTGAAAACATGACACCC
+CGTGACCTTGGTGCTTGTATTGACTGTAGTGCGCGTCATATTAATGCGCAGGTAGCAAAAAGTCACAACATTGCTTTGAT
+ATGGAACGTTAAAGATTTCATGTCATTGTCTGAACAACTACGAAAACAAATACGTAGTGCTGCTAAAAAGAATAACTTAC
+CTTTTAAGTTGACATGTGCAACTACTAGACAAGTTGTTAATGTTGTAACAACAAAGATAGCACTTAAGGGTGGTAAAATT
+GTTAATAATTGGTTGAAGCAGTTAATTAAAGTTACACTTGTGTTCCTTTTTGTTGCTGCTATTTTCTATTTAATAACACC
+TGTTCATGTCATGTCTAAACATACTGACTTTTCAAGTGAAATCATAGGATACAAGGCTATTGATGGTGGTGTCACTCGTG
+ACATAGCATCTACAGATACTTGTTTTGCTAACAAACATGCTGATTTTGACACATGGTTTAGCCAGCGTGGTGGTAGTTAT
+ACTAATGACAAAGCTTGCCCATTGATTGCTGCAGTCATAACAAGAGAAGTGGGTTTTGTCGTGCCTGGTTTGCCTGGCAC
+GATATTACGCACAACTAATGGTGACTTTTTGCATTTCTTACCTAGAGTTTTTAGTGCAGTTGGTAACATCTGTTACACAC
+CATCAAAACTTATAGAGTACACTGACTTTGCAACATCAGCTTGTGTTTTGGCTGCTGAATGTACAATTTTTAAAGATGCT
+TCTGGTAAGCCAGTACCATATTGTTATGATACCAATGTACTAGAAGGTTCTGTTGCTTATGAAAGTTTACGCCCTGACAC
+ACGTTATGTGCTCATGGATGGCTCTATTATTCAATTTCCTAACACCTACCTTGAAGGTTCTGTTAGAGTGGTAACAACTT
+TTGATTCTGAGTACTGTAGGCACGGCACTTGTGAAAGATCAGAAGCTGGTGTTTGTGTATCTACTAGTGGTAGATGGGTA
+CTTAACAATGATTATTACAGATCTTTACCAGGAGTTTTCTGTGGTGTAGATGCTGTAAATTTACTTACTAATATGTTTAC
+ACCACTAATTCAACCTATTGGTGCTTTGGACATATCAGCATCTATAGTAGCTGGTGGTATTGTAGCTATCGTAGTAACAT
+GCCTTGCCTACTATTTTATGAGGTTTAGAAGAGCTTTTGGTGAATACAGTCATGTAGTTGCCTTTAATACTTTACTATTC
+CTTATGTCATTCACTGTACTCTGTTTAACACCAGTTTACTCATTCTTACCTGGTGTTTATTCTGTTATTTACTTGTACTT
+GACATTTTATCTTACTAATGATGTTTCTTTTTTAGCACATATTCAGTGGATGGTTATGTTCACACCTTTAGTACCTTTCT
+GGATAACAATTGCTTATATCATTTGTATTTCCACAAAGCATTTCTATTGGTTCTTTAGTAATTACCTAAAGAGACGTGTA
+GTCTTTAATGGTGTTTCCTTTAGTACTTTTGAAGAAGCTGCGCTGTGCACCTTTTTGTTAAATAAAGAAATGTATCTAAA
+GTTGCGTAGTGATGTGCTATTACCTCTTACGCAATATAATAGATACTTAGCTCTTTATAATAAGTACAAGTATTTTAGTG
+GAGCAATGGATACAACTAGCTACAGAGAAGCTGCTTGTTGTCATCTCGCAAAGGCTCTCAATGACTTCAGTAACTCAGGT
+TCTGATGTTCTTTACCAACCACCACAAACCTCTATCACCTCAGCTGTTTTGCAGAGTGGTTTTAGAAAAATGGCATTCCC
+ATCTGGTAAAGTTGAGGGTTGTATGGTACAAGTAACTTGTGGTACAACTACACTTAACGGTCTTTGGCTTGATGACGTAG
+TTTACTGTCCAAGACATGTGATCTGCACCTCTGAAGACATGCTTAACCCTAATTATGAAGATTTACTCATTCGTAAGTCT
+AATCATAATTTCTTGGTACAGGCTGGTAATGTTCAACTCAGGGTTATTGGACATTCTATGCAAAATTGTGTACTTAAGCT
+TAAGGTTGATACAGCCAATCCTAAGACACCTAAGTATAAGTTTGTTCGCATTCAACCAGGACAGACTTTTTCAGTGTTAG
+CTTGTTACAATGGTTCACCATCTGGTGTTTACCAATGTGCTATGAGGCCCAATTTCACTATTAAGGGTTCATTCCTTAAT
+GGTTCATGTGGTAGTGTTGGTTTTAACATAGATTATGACTGTGTCTCTTTTTGTTACATGCACCATATGGAATTACCAAC
+TGGAGTTCATGCTGGCACAGACTTAGAAGGTAACTTTTATGGACCTTTTGTTGACAGGCAAACAGCACAAGCAGCTGGTA
+CGGACACAACTATTACAGTTAATGTTTTAGCTTGGTTGTACGCTGCTGTTATAAATGGAGACAGGTGGTTTCTCAATCGA
+TTTACCACAACTCTTAATGACTTTAACCTTGTGGCTATGAAGTACAATTATGAACCTCTAACACAAGACCATGTTGACAT
+ACTAGGACCTCTTTCTGCTCAAACTGGAATTGCCGTTTTAGATATGTGTGCTTCATTAAAAGAATTACTGCAAAATGGTA
+TGAATGGACGTACCATATTGGGTAGTGCTTTATTAGAAGATGAATTTACACCTTTTGATGTTGTTAGACAATGCTCAGGT
+GTTACTTTCCAAAGTGCAGTGAAAAGAACAATCAAGGGTACACACCACTGGTTGTTACTCACAATTTTGACTTCACTTTT
+AGTTTTAGTCCAGAGTACTCAATGGTCTTTGTTCTTTTTTTTGTATGAAAATGCCTTTTTACCTTTTGCTATGGGTATTA
+TTGCTATGTCTGCTTTTGCAATGATGTTTGTCAAACATAAGCATGCATTTCTCTGTTTGTTTTTGTTACCTTCTCTTGCC
+ACTGTAGCTTATTTTAATATGGTCTATATGCCTGCTAGTTGGGTGATGCGTATTATGACATGGTTGGATATGGTTGATAC
+TAGTTTGTCTGGTTTTAAGCTAAAAGACTGTGTTATGTATGCATCAGCTGTAGTGTTACTAATCCTTATGACAGCAAGAA
+CTGTGTATGATGATGGTGCTAGGAGAGTGTGGACACTTATGAATGTCTTGACACTCGTTTATAAAGTTTATTATGGTAAT
+GCTTTAGATCAAGCCATTTCCATGTGGGCTCTTATAATCTCTGTTACTTCTAACTACTCAGGTGTAGTTACAACTGTCAT
+GTTTTTGGCCAGAGGTATTGTTTTTATGTGTGTTGAGTATTGCCCTATTTTCTTCATAACTGGTAATACACTTCAGTGTA
+TAATGCTAGTTTATTGTTTCTTAGGCTATTTTTGTACTTGTTACTTTGGCCTCTTTTGTTTACTCAACCGCTACTTTAGA
+CTGACTCTTGGTGTTTATGATTACTTAGTTTCTACACAGGAGTTTAGATATATGAATTCACAGGGACTACTCCCACCCAA
+GAATAGCATAGATGCCTTCAAACTCAACATTAAATTGTTGGGTGTTGGTGGCAAACCTTGTATCAAAGTAGCCACTGTAC
+AGTCTAAAATGTCAGATGTAAAGTGCACATCAGTAGTCTTACTCTCAGTTTTGCAACAACTCAGAGTAGAATCATCATCT
+AAATTGTGGGCTCAATGTGTCCAGTTACACAATGACATTCTCTTAGCTAAAGATACTACTGAAGCCTTTGAAAAAATGGT
+TTCACTACTTTCTGTTTTGCTTTCCATGCAGGGTGCTGTAGACATAAACAAGCTTTGTGAAGAAATGCTGGACAACAGGG
+CAACCTTACAAGCTATAGCCTCAGAGTTTAGTTCCCTTCCATCATATGCAGCTTTTGCTACTGCTCAAGAAGCTTATGAG
+CAGGCTGTTGCTAATGGTGATTCTGAAGTTGTTCTTAAAAAGTTGAAGAAGTCTTTGAATGTGGCTAAATCTGAATTTGA
+CCGTGATGCAGCCATGCAACGTAAGTTGGAAAAGATGGCTGATCAAGCTATGACCCAAATGTATAAACAGGCTAGATCTG
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+AACAACATTATCAACAATGCAAGAGATGGTTGTGTTCCCTTGAACATAATACCTCTTACAACAGCAGCCAAACTAATGGT
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+>Placeholder | N0TR34L |  Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate SARS-CoV-2/human/USA/SD-INBRE-0332/2022, Fake
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