Changed Jenkins pipeline to use mamba

Added failsafe for overlapping genes where length is not equal to a multiple of 3.

Added codon ambiguity detection which translates to "X" in aa sequence.

.gitignore

@@ -1,5 +1,21 @@
-# Created by https://www.toptal.com/developers/gitignore/api/python,visualstudiocode
+# File created using '.gitignore Generator' for Visual Studio Code: https://bit.ly/vscode-gig
-# Edit at https://www.toptal.com/developers/gitignore?templates=python,visualstudiocode
+# Created by https://www.toptal.com/developers/gitignore/api/visualstudiocode,linux,python,venv,virtualenv
+# Edit at https://www.toptal.com/developers/gitignore?templates=visualstudiocode,linux,python,venv,virtualenv
+
+### Linux ###
+*~
+
+# temporary files which can be created if a process still has a handle open of a deleted file
+.fuse_hidden*
+
+# KDE directory preferences
+.directory
+
+# Linux trash folder which might appear on any partition or disk
+.Trash-*
+
+# .nfs files are created when an open file is removed but is still being accessed
+.nfs*
 
 ### Python ###
 # Byte-compiled / optimized / DLL files
@@ -173,6 +189,22 @@ poetry.toml
 # LSP config files
 pyrightconfig.json
 
+### venv ###
+# Virtualenv
+# http://iamzed.com/2009/05/07/a-primer-on-virtualenv/
+[Bb]in
+[Ii]nclude
+[Ll]ib
+[Ll]ib64
+[Ll]ocal
+[Ss]cripts
+pyvenv.cfg
+pip-selfcheck.json
+
+### VirtualEnv ###
+# Virtualenv
+# http://iamzed.com/2009/05/07/a-primer-on-virtualenv/
+
 ### VisualStudioCode ###
 .vscode/*
 !.vscode/settings.json
@@ -192,9 +224,9 @@ pyrightconfig.json
 .history
 .ionide
 
-# End of https://www.toptal.com/developers/gitignore/api/python,visualstudiocode
+# End of https://www.toptal.com/developers/gitignore/api/visualstudiocode,linux,python,venv,virtualenv
+
+# Custom rules (everything added below won't be overriden by 'Generate .gitignore File' if you use 'Update' option)
 
 output
-.vscode
+envs
-input_fasta.fasta
-gene_list.csv

.vscode/launch.json

@@ -0,0 +1,25 @@
+{
+    // Use IntelliSense to learn about possible attributes.
+    // Hover to view descriptions of existing attributes.
+    // For more information, visit: https://go.microsoft.com/fwlink/?linkid=830387
+    "version": "0.2.0",
+    "configurations": [
+        {
+            "name": "Splitter Single Gene with Translation",
+            "type": "python",
+            "request": "launch",
+            "program": "${workspaceFolder}/msa_splitter.py",
+            "args": [
+                "${workspaceFolder}/tests/resources/test_msa-shortened.fa",
+                "--gene-list", "${workspaceFolder}/tests/resources/gene_list.csv",
+                "-C",
+                "-E", "DEBUG",
+                "--do-translate",
+                "--gen-cut-stop-codon"
+
+            ],
+            "console": "integratedTerminal",
+            "justMyCode": true
+        }
+    ]
+}

.vscode/settings.json

@@ -0,0 +1,5 @@
+{
+    "python.formatting.provider": "black",
+    "python.linting.flake8Enabled": true,
+    "python.linting.enabled": true
+}

Jenkinsfile

@@ -0,0 +1,26 @@
+pipeline {
+    agent any
+    stages {
+        stage("install") {
+            steps {
+                sh 'mamba env update --file environment.yml'
+                sh 'echo "mamba activate splitmsa" >> ~/.bashrc'
+            }
+        }
+        stage("build") {
+            steps {
+                sh "python -m build"
+            }
+        }
+        stage("publish") {
+            when {
+                branch '**/master'
+            }
+            steps {
+                withCredentials([usernamePassword(credentialsId: 'rs-git-package-registry-ydeng', passwordVariable: 'PASS', usernameVariable: 'USER')]) {
+                    sh "python -m twine upload --repository-url https://git.reslate.systems/api/packages/${USER}/pypi -u ${USER} -p ${PASS} --non-interactive --disable-progress-bar --verbose dist/*"
+                }
+            }
+        }
+    }
+}

README.md

@@ -1,4 +1,4 @@
-# MSA Splitter
+# SplitMSA
 
 Simple FASTA file splitter. Capable of batch trimming a large amount of sequences in the form of a MSA in a FASTA file.
 

environment.yml

@@ -0,0 +1,8 @@
+name: splitmsa
+channels:
+  - conda-forge
+dependencies:
+  - build=0.7.0
+  - pytest=7.2.2
+  - twine=4.0.2
+  - biopython=1.81

pyproject.toml

@@ -0,0 +1,3 @@
+[build-system]
+build-backend = "setuptools.build_meta"
+requires = ["setuptools", "wheel"]

setup.cfg

@@ -0,0 +1,12 @@
+[metadata]
+name = splitmsa
+version = 0.0.1
+
+[options]
+packages = splitmsa
+install_requires =
+    Bio
+
+[options.entry_points]
+console_scripts =
+    splitmsa = splitmsa.splitmsa:main

setup.py

@@ -0,0 +1,3 @@
+from setuptools import setup
+
+setup()

splitmsa/splitmsa.py

@@ -12,6 +12,7 @@ from logging import debug, error, info, warning
 import logging
 import os
 from Bio import SeqIO, SeqRecord
+from Bio.Seq import Seq
 import csv
 
 
@@ -49,10 +50,9 @@ def write_to_file(
     aa_suffix: str,
     nt_sequence_records: list,
     nt_no_stop_sequence_records: list,
-    aa_sequence_records: list = None,
+    aa_sequence_records: list = [],
-    aa_no_stop_sequence_records: list = None,
+    aa_no_stop_sequence_records: list = [],
 ):
-
     output_path = os.path.abspath(output_dir)
     if not os.path.isdir(output_dir):
         os.makedirs(output_path)
@@ -65,6 +65,7 @@ def write_to_file(
         ),
         "fasta",
     )
+    if len(nt_no_stop_sequence_records):
         SeqIO.write(
             nt_no_stop_sequence_records,
             os.path.join(
@@ -74,7 +75,7 @@ def write_to_file(
             "fasta",
         )
 
-    if aa_sequence_records:
+    if len(aa_sequence_records):
         SeqIO.write(
             aa_sequence_records,
             os.path.join(
@@ -86,7 +87,7 @@ def write_to_file(
             "fasta",
         )
 
-    if aa_no_stop_sequence_records:
+    if len(aa_no_stop_sequence_records):
         SeqIO.write(
             aa_no_stop_sequence_records,
             os.path.join(
@@ -108,8 +109,9 @@ def trim(
     start: int,
     end: int,
     gen_cut_stop_codon: bool,
+    perform_translation: bool,
     msa_records,
-    correction_range=16
+    correction_range=16,
 ):
     tru_start = start - 1
     nt_sequence_records = []
@@ -118,7 +120,14 @@ def trim(
     aa_no_stop_sequence_records = []
     problems = []
 
+    skip_translation = False
     debug(f"Beginning sequence trimming for {tru_start} - {end}.")
+    if (end - tru_start) % 3 != 0:
+        skip_translation = True
+        warning(
+            f"Skipping translating for {tru_start} - {end} due to length not being a "
+            "multiple of 3..."
+        )
     for s_record in msa_records:
         record_metadata = (
             s_record.id,
@@ -132,61 +141,85 @@ def trim(
         found_start_codon = False
         start_shift = 0
         for i in range(correction_range):
-            if s_record.seq[tru_start + i: tru_start + i + 3] == START_CODON:
+            if s_record.seq[tru_start + i : tru_start + i + 3] == START_CODON:
                 found_start_codon = True
                 start_shift = i
                 break
-            if not found_start_codon and s_record.seq[
+            if (
-                    tru_start - i: tru_start - i + 3] == START_CODON:
+                not found_start_codon
+                and s_record.seq[tru_start - i : tru_start - i + 3] == START_CODON
+            ):
                 found_start_codon = True
                 start_shift = -i
                 break
         if not found_start_codon:
-            problems.append([start, end, s_record.id,
+            problems.append([start, end, s_record.id, "Could not find start codon"])
-                             "Could not find start codon"])
         if found_start_codon and start_shift != 0:
-            problems.append([start, end, s_record.id,
+            problems.append(
-                             "Corrected start codon to "
+                [
-                             f"{tru_start + start_shift}"])
+                    start,
+                    end,
+                    s_record.id,
+                    "Corrected start codon to " f"{tru_start + start_shift}",
+                ]
+            )
 
         end_shift = 0
         found_stop_codon = False
         for i in range(correction_range):
-            if s_record.seq[end + i - 3: end + i] in STOP_CODONS:
+            if s_record.seq[end + i - 3 : end + i] in STOP_CODONS:
                 found_stop_codon = True
                 end_shift = i
                 break
-            if not found_stop_codon and s_record.seq[
+            if (
-                    end - i - 3: end - i] in STOP_CODONS:
+                not found_stop_codon
+                and s_record.seq[end - i - 3 : end - i] in STOP_CODONS
+            ):
                 found_stop_codon = True
                 end_shift = -i
                 break
         if not found_stop_codon:
-            problems.append([start, end, s_record.id,
+            problems.append([start, end, s_record.id, "Could not find stop codon"])
-                             "Could not find stop codon"])
         if found_stop_codon and end_shift != 0:
-            problems.append([start, end, s_record.id,
+            problems.append(
-                             "Corrected stop codon to "
+                [
-                             f"{end + end_shift}"])
+                    start,
+                    end,
+                    s_record.id,
+                    "Corrected stop codon to " f"{end + end_shift}",
+                ]
+            )
 
-        nt_sequence = s_record.seq[tru_start +
+        nt_sequence = s_record.seq[
-                                   start_shift: end + end_shift]  # Cropping
+            tru_start + start_shift : end + end_shift
-        nt_no_stop_sequence = s_record.seq[tru_start +
+        ]  # Cropping
-                                           start_shift: end - 3 + end_shift]
+        nt_sequence_records.append(SeqRecord.SeqRecord(nt_sequence, *record_metadata))
-        nt_sequence_records.append(
+        if gen_cut_stop_codon:
-            SeqRecord.SeqRecord(nt_sequence, *record_metadata))
+            nt_no_stop_sequence = s_record.seq[
+                tru_start + start_shift : end - 3 + end_shift
+            ]
             nt_no_stop_sequence_records.append(
                 SeqRecord.SeqRecord(nt_no_stop_sequence, *record_metadata)
             )
 
-        if gen_cut_stop_codon:
+        if perform_translation and not skip_translation:
+            if "-" in nt_sequence:
+                sequence_with_ambiguity = []
+                for codon_in_sequence in range(0, len(nt_sequence), 3):
+                    codon = nt_sequence[codon_in_sequence : codon_in_sequence + 3]
+                    if "-" in codon and codon != "---":
+                        sequence_with_ambiguity.extend(codon.replace("-", "N"))
+                    else:
+                        sequence_with_ambiguity.extend(codon)
+                sequence_with_ambiguity = Seq("".join(sequence_with_ambiguity))
+                aa_sequence = sequence_with_ambiguity.translate()
+            else:
                 aa_sequence = nt_sequence.translate()
-            aa_no_stop_sequence = nt_no_stop_sequence.translate()
-
             aa_sequence_records.append(
                 SeqRecord.SeqRecord(aa_sequence, *record_metadata)
             )
-
+            if gen_cut_stop_codon:
+                aa_no_stop_sequence = aa_sequence[:-1]
                 aa_no_stop_sequence_records.append(
                     SeqRecord.SeqRecord(aa_no_stop_sequence, *record_metadata)
                 )
@@ -197,7 +230,7 @@ def trim(
         nt_no_stop_sequence_records,
         aa_sequence_records,
         aa_no_stop_sequence_records,
-        problems
+        problems,
     )
 
 
@@ -214,66 +247,9 @@ def output_as_csv(gene: str, problems: list[list[str]], output_path: str):
         writer.writerows(problems)
 
 
-def main(args):
+def main():
-    logging.basicConfig(level=args.log_level.upper())
-
-    msa_records = list(read_msa_file(args.input))
-    info(f"MSA records read complete. Found {len(msa_records)} records.")
-    genes = []
-    if args.gene_list:
-        genes = read_genes_from_csv(args.gene_list)
-        info(
-            f"Gene list read from {args.gene_list} resulted in {len(genes)} "
-            "genes.")
-    else:
-        if args.gene_name and args.start and args.end:
-            genes.append([args.gene_name, args.start, args.end])
-            info(
-                f"Extracting {args.gene_name} starting at {args.start} to "
-                f"{args.end}.")
-        else:
-            raise Exception(
-                "Need either a gene list by --gene-list or a start and end "
-                "via --start, and --end respectively."
-            )
-    for gene_name, start, end in genes:
-        info(f"Started on gene {gene_name} ({start} - {end})")
-        (
-            nt_sequence_records,
-            nt_no_stop_sequence_records,
-            aa_sequence_records,
-            aa_no_stop_sequence_records,
-            problems
-        ) = trim(start, end, args.gen_cut_stop_codon,
-                 msa_records, correction_range=args.correction_range)
-        if len(problems) > 0:
-            warning(f"There were {len(problems)} problems "
-                    f"during trimming {gene_name}!")
-        if args.catalogue_problems:
-            output_as_csv(
-                gene_name,
-                problems,
-                os.path.join(args.output_dir, f"{gene_name} - problems.csv")
-            )
-        write_to_file(
-            args.output_dir,
-            gene_name,
-            start,
-            end,
-            args.full_suffix,
-            args.ns_suffix,
-            args.aa_suffix,
-            nt_sequence_records,
-            nt_no_stop_sequence_records,
-            aa_sequence_records,
-            aa_no_stop_sequence_records,
-        )
-        info(f"Completed gene {gene_name} ({start} - {end})")
-
-
-if __name__ == "__main__":
     parser = argparse.ArgumentParser(
-        prog="msa_splitter",
+        prog="splitmsa",
         description="""
             The MSA splitter is a simple program that takes in two positions
             and a MSA file and produces two separate FASTA files
@@ -342,7 +318,7 @@ if __name__ == "__main__":
         """,
         required=False,
         default=False,
-        action="store_true"
+        action="store_true",
     )
 
     parser.add_argument(
@@ -378,6 +354,14 @@ if __name__ == "__main__":
         default="aa",
     )
 
+    parser.add_argument(
+        "-A",
+        "--do-translate",
+        help="Attempts to translate all nucleotide sequences to amino acid sequences.",
+        required=False,
+        action="store_true",
+    )
+
     parser.add_argument(
         "--correction-range",
         "-R",
@@ -385,7 +369,7 @@ if __name__ == "__main__":
         "directions to correct start and stop codons before giving up.",
         type=int,
         required=False,
-        default=9
+        default=9,
     )
 
     parser.add_argument(
@@ -394,7 +378,7 @@ if __name__ == "__main__":
         help="The verbosity of the program.",
         type=str,
         required=False,
-        default="INFO"
+        default="INFO",
     )
 
     parser.add_argument(
@@ -403,7 +387,73 @@ if __name__ == "__main__":
         help="Generates a CSV for each gene listing the problems that "
         "occurred during trimming.",
         required=False,
-        action="store_true"
+        action="store_true",
     )
 
-    main(parser.parse_args())
+    args = parser.parse_args()
+
+    logging.basicConfig(level=args.log_level.upper())
+
+    msa_records = list(read_msa_file(args.input))
+    info(f"MSA records read complete. Found {len(msa_records)} records.")
+    genes = []
+    if args.gene_list:
+        genes = read_genes_from_csv(args.gene_list)
+        info(f"Gene list read from {args.gene_list} resulted in {len(genes)} " "genes.")
+    else:
+        if args.gene_name and args.start and args.end:
+            genes.append([args.gene_name, args.start, args.end])
+            info(
+                f"Extracting {args.gene_name} starting at {args.start} to "
+                f"{args.end}."
+            )
+        else:
+            raise Exception(
+                "Need either a gene list by --gene-list or a start and end "
+                "via --start, and --end respectively."
+            )
+    for gene_name, start, end in genes:
+        info(f"Started on gene {gene_name} ({start} - {end})")
+        (
+            nt_sequence_records,
+            nt_no_stop_sequence_records,
+            aa_sequence_records,
+            aa_no_stop_sequence_records,
+            problems,
+        ) = trim(
+            start,
+            end,
+            args.gen_cut_stop_codon,
+            args.do_translate,
+            msa_records,
+            correction_range=args.correction_range,
+        )
+        if len(problems) > 0:
+            warning(
+                f"There were {len(problems)} problems " f"during trimming {gene_name}!"
+            )
+        if args.catalogue_problems:
+            output_as_csv(
+                gene_name,
+                problems,
+                os.path.join(args.output_dir, f"{gene_name} - problems.csv"),
+            )
+        write_to_file(
+            args.output_dir,
+            gene_name,
+            start,
+            end,
+            args.full_suffix,
+            args.ns_suffix,
+            args.aa_suffix,
+            nt_sequence_records,
+            nt_no_stop_sequence_records,
+            aa_sequence_records,
+            aa_no_stop_sequence_records,
+        )
+        info(f"Completed gene {gene_name} ({start} - {end})")
+
+
+if __name__ == "__main__":
+
+    main()

tests/resources/gene_list.csv

@@ -0,0 +1,7 @@
+Gene,Start,End
+ORF1ab,266,21555
+ORF1a,266,21555
+S,21563,25384
+ORF3a,25393,26220
+M,26523,27191
+E,26245,26472

tests/resources/test_msa-shortened.fa

@@ -0,0 +1,750 @@
+>ref|NC_045512.2|  [completeness=complete] [organism=Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2] [isolate=Wuhan-Hu-1] [nat_host=Homo sapiens] [gb_acronym=SARS-CoV-2] [gcode=1] [country=China] [collection_date=Dec-2019] Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome.
+ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAA
+AATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGG
+ACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTT
+CGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGC
+CTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACAT
+CTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAA
+ACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTC
+GTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAG
+AACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGA
+TCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACG
+GAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTA
+GCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCG
+TGAACATGAGCATGAAATTGCTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAAT
+TGGCAAAGAAATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAA
+CCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCACCAAATGAATG
+CAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCAGACGGGCGATTTTGTTAAAG
+CCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACTACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTT
+GTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAGGACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGG
+CTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCGCACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACA
+AGTGTGCCTATTGGGTTCCACGTGCTAGCGCTAACATAGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGT
+CTTAATGACAACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGA
+GATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGATTATAAAGCAT
+TCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAGGTGCCTGGAATATTGGTGAA
+CAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCGTGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCT
+TGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCCGCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGA
+GACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTGATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTT
+GTTCAGTTGACTTCGCAGTGGCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGA
+AGAGAAGTTTAAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAA
+TTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGTAAATAAATTT
+TTGGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTAGGTGAAACATTTGTCACGCA
+CTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCCTACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAA
+TTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTTAACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCA
+TTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAAGCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGA
+AATCAAAGACACAGAAAAGTACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCACACTCAAAGGCGGTG
+CACCAACAAAGGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTT
+GATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAAATGAGTTCGC
+CTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTATCTGAATTACTTACACCACTGGGCATTGATTTAGATG
+AGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTTAAATTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTCTAC
+CCTCCAGATGAGGATGAAGAAGAAGGTGATTGTGAAGAAGAAGAGTTTGAGCCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGA
+AGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATTTGGTGCCACTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATT
+GGTTAGATGATGATAGTCAACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATT
+GTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTT
+AAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTA
+ATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAGTT
+GAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAGTTGTGTTTTAAGCGGACACAATCTTGCTAA
+ACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGTGAAGACATTCAACTTCTTAAGAGTGCTTATGAAAATTTTA
+ATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTATTATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTCTTTAAGAGTTTGT
+GTAGATACTGTTCGCACAAATGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTTCAAGCTTTTTGGA
+AATGAAGAGTGAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTTATAACTGAAAGTA
+AACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAATCAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAACAACTCTGGAAGAA
+ACTAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCAGATTCTGCCACTCTTGTTAG
+TGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGCTG
+TGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATTAT
+ATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGC
+CTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGC
+TTGCACATGCAGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTGTGTGGAAACTAAAGCCATAGTTTCAACTATACAGCGTAAA
+TATAAGGGTATTAAAATACAAGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACCAGTAAAACAACTGTAGC
+GTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTATGTAACACATGGCTTAAATT
+TGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCCAGCTACAGTTTCTGTTTCTTCACCTGATGCTGTTACAGCG
+TATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCTAAAACACCTGAAGAACATTTTATTGAAACCATCTCACTTGCTGGTTCCTATAA
+AGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACAACTAGGTATAGAATTTCTTAAGAGAGGTGATAAAAGTGTATATTACACTA
+GTAATCCTACCACATTCCACCTAGATGGTGAAGTTATCACCTTTGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTG
+AGGACTATTAAGGTGTTTACAACAGTAGACAACATTAACCTCCACACGCAAGTTGTGGACATGTCAATGACATATGGACA
+ACAGTTTGGTCCAACTTATTTGGATGGAGCTGATGTTACTAAAATAAAACCTCATAATTCACATGAAGGTAAAACATTTT
+ATGTTTTACCTAATGATGACACTCTACGTGTTGAGGCTTTTGAGTACTACCACACAACTGATCCTAGTTTTCTGGGTAGG
+TACATGTCAGCATTAAATCACACTAAAAAGTGGAAATACCCACAAGTTAATGGTTTAACTTCTATTAAATGGGCAGATAA
+CAACTGTTATCTTGCCACTGCATTGTTAACACTCCAACAAATAGAGTTGAAGTTTAATCCACCTGCTCTACAAGATGCTT
+ATTACAGAGCAAGGGCTGGTGAAGCTGCTAACTTTTGTGCACTTATCTTAGCCTACTGTAATAAGACAGTAGGTGAGTTA
+GGTGATGTTAGAGAAACAATGAGTTACTTGTTTCAACATGCCAATTTAGATTCTTGCAAAAGAGTCTTGAACGTGGTGTG
+TAAAACTTGTGGACAACAGCAGACAACCCTTAAGGGTGTAGAAGCTGTTATGTACATGGGCACACTTTCTTATGAACAAT
+TTAAGAAAGGTGTTCAGATACCTTGTACGTGTGGTAAACAAGCTACAAAATATCTAGTACAACAGGAGTCACCTTTTGTT
+ATGATGTCAGCACCACCTGCTCAGTATGAACTTAAGCATGGTACATTTACTTGTGCTAGTGAGTACACTGGTAATTACCA
+GTGTGGTCACTATAAACATATAACTTCTAAAGAAACTTTGTATTGCATAGACGGTGCTTTACTTACAAAGTCCTCAGAAT
+ACAAAGGTCCTATTACGGATGTTTTCTACAAAGAAAACAGTTACACAACAACCATAAAACCAGTTACTTATAAATTGGAT
+GGTGTTGTTTGTACAGAAATTGACCCTAAGTTGGACAATTATTATAAGAAAGACAATTCTTATTTCACAGAGCAACCAAT
+TGATCTTGTACCAAACCAACCATATCCAAACGCAAGCTTCGATAATTTTAAGTTTGTATGTGATAATATCAAATTTGCTG
+ATGATTTAAACCAGTTAACTGGTTATAAGAAACCTGCTTCAAGAGAGCTTAAAGTTACATTTTTCCCTGACTTAAATGGT
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+GCATGTTAACAATGCAACTAATAAAGCCACGTATAAACCAAATACCTGGTGTATACGTTGTCTTTGGAGCACAAAACCAG
+TTGAAACATCAAATTCGTTTGATGTACTGAAGTCAGAGGACGCGCAGGGAATGGATAATCTTGCCTGCGAAGATCTAAAA
+CCAGTCTCTGAAGAAGTAGTGGAAAATCCTACCATACAGAAAGACGTTCTTGAGTGTAATGTGAAAACTACCGAAGTTGT
+AGGAGACATTATACTTAAACCAGCAAATAATAGTTTAAAAATTACAGAAGAGGTTGGCCACACAGATCTAATGGCTGCTT
+ATGTAGACAATTCTAGTCTTACTATTAAGAAACCTAATGAATTATCTAGAGTATTAGGTTTGAAAACCCTTGCTACTCAT
+GGTTTAGCTGCTGTTAATAGTGTCCCTTGGGATACTATAGCTAATTATGCTAAGCCTTTTCTTAACAAAGTTGTTAGTAC
+AACTACTAACATAGTTACACGGTGTTTAAACCGTGTTTGTACTAATTATATGCCTTATTTCTTTACTTTATTGCTACAAT
+TGTGTACTTTTACTAGAAGTACAAATTCTAGAATTAAAGCATCTATGCCGACTACTATAGCAAAGAATACTGTTAAGAGT
+GTCGGTAAATTTTGTCTAGAGGCTTCATTTAATTATTTGAAGTCACCTAATTTTTCTAAACTGATAAATATTATAATTTG
+GTTTTTACTATTAAGTGTTTGCCTAGGTTCTTTAATCTACTCAACCGCTGCTTTAGGTGTTTTAATGTCTAATTTAGGCA
+TGCCTTCTTACTGTACTGGTTACAGAGAAGGCTATTTGAACTCTACTAATGTCACTATTGCAACCTACTGTACTGGTTCT
+ATACCTTGTAGTGTTTGTCTTAGTGGTTTAGATTCTTTAGACACCTATCCTTCTTTAGAAACTATACAAATTACCATTTC
+ATCTTTTAAATGGGATTTAACTGCTTTTGGCTTAGTTGCAGAGTGGTTTTTGGCATATATTCTTTTCACTAGGTTTTTCT
+ATGTACTTGGATTGGCTGCAATCATGCAATTGTTTTTCAGCTATTTTGCAGTACATTTTATTAGTAATTCTTGGCTTATG
+TGGTTAATAATTAATCTTGTACAAATGGCCCCGATTTCAGCTATGGTTAGAATGTACATCTTCTTTGCATCATTTTATTA
+TGTATGGAAAAGTTATGTGCATGTTGTAGACGGTTGTAATTCATCAACTTGTATGATGTGTTACAAACGTAATAGAGCAA
+CAAGAGTCGAATGTACAACTATTGTTAATGGTGTTAGAAGGTCCTTTTATGTCTATGCTAATGGAGGTAAAGGCTTTTGC
+AAACTACACAATTGGAATTGTGTTAATTGTGATACATTCTGTGCTGGTAGTACATTTATTAGTGATGAAGTTGCGAGAGA
+CTTGTCACTACAGTTTAAAAGACCAATAAATCCTACTGACCAGTCTTCTTACATCGTTGATAGTGTTACAGTGAAGAATG
+GTTCCATCCATCTTTACTTTGATAAAGCTGGTCAAAAGACTTATGAAAGACATTCTCTCTCTCATTTTGTTAACTTAGAC
+AACCTGAGAGCTAATAACACTAAAGGTTCATTGCCTATTAATGTTATAGTTTTTGATGGTAAATCAAAATGTGAAGAATC
+ATCTGCAAAATCAGCGTCTGTTTACTACAGTCAGCTTATGTGTCAACCTATACTGTTACTAGATCAGGCATTAGTGTCTG
+ATGTTGGTGATAGTGCGGAAGTTGCAGTTAAAATGTTTGATGCTTACGTTAATACGTTTTCATCAACTTTTAACGTACCA
+ATGGAAAAACTCAAAACACTAGTTGCAACTGCAGAAGCTGAACTTGCAAAGAATGTGTCCTTAGACAATGTCTTATCTAC
+TTTTATTTCAGCAGCTCGGCAAGGGTTTGTTGATTCAGATGTAGAAACTAAAGATGTTGTTGAATGTCTTAAATTGTCAC
+ATCAATCTGACATAGAAGTTACTGGCGATAGTTGTAATAACTATATGCTCACCTATAACAAAGTTGAAAACATGACACCC
+CGTGACCTTGGTGCTTGTATTGACTGTAGTGCGCGTCATATTAATGCGCAGGTAGCAAAAAGTCACAACATTGCTTTGAT
+ATGGAACGTTAAAGATTTCATGTCATTGTCTGAACAACTACGAAAACAAATACGTAGTGCTGCTAAAAAGAATAACTTAC
+CTTTTAAGTTGACATGTGCAACTACTAGACAAGTTGTTAATGTTGTAACAACAAAGATAGCACTTAAGGGTGGTAAAATT
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+TGTTCATGTCATGTCTAAACATACTGACTTTTCAAGTGAAATCATAGGATACAAGGCTATTGATGGTGGTGTCACTCGTG
+ACATAGCATCTACAGATACTTGTTTTGCTAACAAACATGCTGATTTTGACACATGGTTTAGCCAGCGTGGTGGTAGTTAT
+ACTAATGACAAAGCTTGCCCATTGATTGCTGCAGTCATAACAAGAGAAGTGGGTTTTGTCGTGCCTGGTTTGCCTGGCAC
+GATATTACGCACAACTAATGGTGACTTTTTGCATTTCTTACCTAGAGTTTTTAGTGCAGTTGGTAACATCTGTTACACAC
+CATCAAAACTTATAGAGTACACTGACTTTGCAACATCAGCTTGTGTTTTGGCTGCTGAATGTACAATTTTTAAAGATGCT
+TCTGGTAAGCCAGTACCATATTGTTATGATACCAATGTACTAGAAGGTTCTGTTGCTTATGAAAGTTTACGCCCTGACAC
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+TTGATTCTGAGTACTGTAGGCACGGCACTTGTGAAAGATCAGAAGCTGGTGTTTGTGTATCTACTAGTGGTAGATGGGTA
+CTTAACAATGATTATTACAGATCTTTACCAGGAGTTTTCTGTGGTGTAGATGCTGTAAATTTACTTACTAATATGTTTAC
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+GCCTTGCCTACTATTTTATGAGGTTTAGAAGAGCTTTTGGTGAATACAGTCATGTAGTTGCCTTTAATACTTTACTATTC
+CTTATGTCATTCACTGTACTCTGTTTAACACCAGTTTACTCATTCTTACCTGGTGTTTATTCTGTTATTTACTTGTACTT
+GACATTTTATCTTACTAATGATGTTTCTTTTTTAGCACATATTCAGTGGATGGTTATGTTCACACCTTTAGTACCTTTCT
+GGATAACAATTGCTTATATCATTTGTATTTCCACAAAGCATTTCTATTGGTTCTTTAGTAATTACCTAAAGAGACGTGTA
+GTCTTTAATGGTGTTTCCTTTAGTACTTTTGAAGAAGCTGCGCTGTGCACCTTTTTGTTAAATAAAGAAATGTATCTAAA
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+CGGACACAACTATTACAGTTAATGTTTTAGCTTGGTTGTACGCTGCTGTTATAAATGGAGACAGGTGGTTTCTCAATCGA
+TTTACCACAACTCTTAATGACTTTAACCTTGTGGCTATGAAGTACAATTATGAACCTCTAACACAAGACCATGTTGACAT
+ACTAGGACCTCTTTCTGCTCAAACTGGAATTGCCGTTTTAGATATGTGTGCTTCATTAAAAGAATTACTGCAAAATGGTA
+TGAATGGACGTACCATATTGGGTAGTGCTTTATTAGAAGATGAATTTACACCTTTTGATGTTGTTAGACAATGCTCAGGT
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+TTGCTATGTCTGCTTTTGCAATGATGTTTGTCAAACATAAGCATGCATTTCTCTGTTTGTTTTTGTTACCTTCTCTTGCC
+ACTGTAGCTTATTTTAATATGGTCTATATGCCTGCTAGTTGGGTGATGCGTATTATGACATGGTTGGATATGGTTGATAC
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+AAATTGTGGGCTCAATGTGTCCAGTTACACAATGACATTCTCTTAGCTAAAGATACTACTGAAGCCTTTGAAAAAATGGT
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+CCGTGATGCAGCCATGCAACGTAAGTTGGAAAAGATGGCTGATCAAGCTATGACCCAAATGTATAAACAGGCTAGATCTG
+AGGACAAGAGGGCAAAAGTTACTAGTGCTATGCAGACAATGCTTTTCACTATGCTTAGAAAGTTGGATAATGATGCACTC
+AACAACATTATCAACAATGCAAGAGATGGTTGTGTTCCCTTGAACATAATACCTCTTACAACAGCAGCCAAACTAATGGT
+TGTCATACCAGACTATAACACATATAAAAATACGTGTGATGGTACAACATTTACTTATGCATCAGCATTGTGGGAAATCC
+AACAGGTTGTAGATGCAGATAGTAAAATTGTTCAACTTAGTGAAATTAGTATGGACAATTCACCTAATTTAGCATGGCCT
+CTTATTGTAACAGCTTTAAGGGCCAATTCTGCTGTCAAATTACAGAATAATGAGCTTAGTCCTGTTGCACTACGACAGAT
+GTCTTGTGCTGCCGGTACTACACAAACTGCTTGCACTGATGACAATGCGTTAGCTTACTACAACACAACAAAGGGAGGTA
+GGTTTGTACTTGCACTGTTATCCGATTTACAGGATTTGAAATGGGCTAGATTCCCTAAGAGTGATGGAACTGGTACTATC
+TATACAGAACTGGAACCACCTTGTAGGTTTGTTACAGACACACCTAAAGGTCCTAAAGTGAAGTATTTATACTTTATTAA
+AGGATTAAACAACCTAAATAGAGGTATGGTACTTGGTAGTTTAGCTGCCACAGTACGTCTACAAGCTGGTAATGCAACAG
+AAGTGCCTGCCAATTCAACTGTATTATCTTTCTGTGCTTTTGCTGTAGATGCTGCTAAAGCTTACAAAGATTATCTAGCT
+AGTGGGGGACAACCAATCACTAATTGTGTTAAGATGTTGTGTACACACACTGGTACTGGTCAGGCAATAACAGTTACACC
+GGAAGCCAATATGGATCAAGAATCCTTTGGTGGTGCATCGTGTTGTCTGTACTGCCGTTGCCACATAGATCATCCAAATC
+CTAAAGGATTTTGTGACTTAAAAGGTAAGTATGTACAAATACCTACAACTTGTGCTAATGACCCTGTGGGTTTTACACTT
+AAAAACACAGTCTGTACCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGGCTGTAGTTGTGATCAACTCCGCGAACCCATGCTTCA
+GTCAGCTGATGCACAATCGTTTTTAAACGGGTTTGCGGTGTAAGTGCAGCCCGTCTTACACCGTGCGGCACAGGCACTAG
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+GACTGGTATGATTTTGTAGAAAACCCAGATATATTACGCGTATACGCCAACTTAGGTGAACGTGTACGCCAAGCTTTGTT
+AAAAACAGTACAATTCTGTGATGCCATGCGAAATGCTGGTATTGTTGGTGTACTGACATTAGATAATCAAGATCTCAATG
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+>Placeholder | N0TR34L |  Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate SARS-CoV-2/human/USA/SD-INBRE-0332/2022, Fake
+ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAAC--ACCAACCAACT---------TTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAA
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