diff --git a/src/autobigs/engine/data/__init__.py b/src/autobigs/engine/analysis/__init__.py similarity index 100% rename from src/autobigs/engine/data/__init__.py rename to src/autobigs/engine/analysis/__init__.py diff --git a/src/autobigs/engine/analysis/aligners.py b/src/autobigs/engine/analysis/aligners.py new file mode 100644 index 0000000..c21be51 --- /dev/null +++ b/src/autobigs/engine/analysis/aligners.py @@ -0,0 +1,71 @@ +import asyncio +from concurrent.futures import Future, ThreadPoolExecutor +from contextlib import AbstractContextManager +from typing import Any, Set, Union +from Bio.Align import PairwiseAligner +from queue import Queue + +from autobigs.engine.structures.alignment import AlignmentStats, PairwiseAlignment + + +class AsyncPairwiseAlignmentEngine(AbstractContextManager): + def __enter__(self): + self._thread_pool = ThreadPoolExecutor(self._max_threads) + return self + + def __init__(self, aligner: PairwiseAligner, max_threads: int = 4): + self._max_threads = max_threads + self._aligner = aligner + self._work_left: Set[Future] = set() + self._work_complete: Queue[Future] = Queue() + + def align(self, reference: str, query: str, **associated_data): + work = self._thread_pool.submit( + self.work, reference, query, **associated_data) + work.add_done_callback(self._on_complete) + self._work_left.add(work) + + def _on_complete(self, future: Future): + self._work_complete.put(future) + + def work(self, reference, query, **associated_data): + alignment_results = sorted(self._aligner.align(reference, query))[0] + top_alignment_stats = alignment_results.counts() + top_alignment_gaps = top_alignment_stats.gaps + top_alignment_identities = top_alignment_stats.identities + top_alignment_mismatches = top_alignment_stats.mismatches + top_alignment_score = alignment_results.score # type: ignore + return PairwiseAlignment( + alignment_results.sequences[0], + alignment_results.sequences[1], + alignment_results.indices[0], + alignment_results.indices[1], + AlignmentStats( + percent_identity=top_alignment_identities/alignment_results.length, + mismatches=top_alignment_mismatches, + gaps=top_alignment_gaps, + score=top_alignment_score + )), associated_data + + async def next_completed(self) -> Union[tuple[PairwiseAlignment, dict[str, Any]], None]: + if self._work_complete.empty() and len(self._work_left): + return None + future_now: Future = await asyncio.wrap_future(self._work_complete.get()) + completed: tuple[PairwiseAlignment, dict[str, Any]] = (future_now).result() + self._work_left.remove(future_now) + return completed + + def __exit__(self, exc_type, exc_value, traceback): + self.shutdown() + + def __aiter__(self): + return self + + async def __anext__(self): + result = await self.next_completed() + if result is None: + raise StopAsyncIteration + return result + + def shutdown(self): + self._thread_pool.shutdown(wait=True, cancel_futures=True) diff --git a/src/autobigs/engine/data/remote/databases/bigsdb.py b/src/autobigs/engine/analysis/bigsdb.py similarity index 59% rename from src/autobigs/engine/data/remote/databases/bigsdb.py rename to src/autobigs/engine/analysis/bigsdb.py index f7ba79a..14feb1b 100644 --- a/src/autobigs/engine/data/remote/databases/bigsdb.py +++ b/src/autobigs/engine/analysis/bigsdb.py @@ -1,15 +1,21 @@ from abc import abstractmethod +import asyncio from collections import defaultdict from contextlib import AbstractAsyncContextManager import csv from os import path -from typing import Any, AsyncGenerator, AsyncIterable, Iterable, Mapping, Sequence, Union +import os +import shutil +import tempfile +from typing import Any, AsyncGenerator, AsyncIterable, Iterable, Mapping, Sequence, Set, Union from aiohttp import ClientSession, ClientTimeout -from autobigs.engine.data.local.fasta import read_fasta -from autobigs.engine.data.structures.genomics import NamedString -from autobigs.engine.data.structures.mlst import Allele, NamedMLSTProfile, PartialAllelicMatchProfile, MLSTProfile +from autobigs.engine.analysis.aligners import AsyncPairwiseAlignmentEngine +from autobigs.engine.reading import read_fasta +from autobigs.engine.structures.alignment import PairwiseAlignment +from autobigs.engine.structures.genomics import NamedString +from autobigs.engine.structures.mlst import Allele, NamedMLSTProfile, AlignmentStats, MLSTProfile from autobigs.engine.exceptions.database import NoBIGSdbExactMatchesException, NoBIGSdbMatchesException, NoSuchBIGSdbDatabaseException from Bio.Align import PairwiseAligner @@ -17,26 +23,26 @@ from Bio.Align import PairwiseAligner class BIGSdbMLSTProfiler(AbstractAsyncContextManager): @abstractmethod - def fetch_mlst_allele_variants(self, sequence_strings: Iterable[str]) -> AsyncGenerator[Allele, Any]: + def determine_mlst_allele_variants(self, query_sequence_strings: Iterable[str]) -> AsyncGenerator[Allele, Any]: pass @abstractmethod - async def fetch_mlst_st(self, alleles: Union[AsyncIterable[Allele], Iterable[Allele]]) -> MLSTProfile: + async def determine_mlst_st(self, alleles: Union[AsyncIterable[Allele], Iterable[Allele]]) -> MLSTProfile: pass @abstractmethod - async def profile_string(self, sequence_strings: Iterable[str]) -> MLSTProfile: + async def profile_string(self, query_sequence_strings: Iterable[str]) -> MLSTProfile: pass @abstractmethod - def profile_multiple_strings(self, named_string_groups: AsyncIterable[Iterable[NamedString]], stop_on_fail: bool = False) -> AsyncGenerator[NamedMLSTProfile, Any]: + def profile_multiple_strings(self, query_named_string_groups: AsyncIterable[Iterable[NamedString]], stop_on_fail: bool = False) -> AsyncGenerator[NamedMLSTProfile, Any]: pass @abstractmethod async def close(self): pass -class OnlineBIGSdbMLSTProfiler(BIGSdbMLSTProfiler): +class RemoteBIGSdbMLSTProfiler(BIGSdbMLSTProfiler): def __init__(self, database_api: str, database_name: str, schema_id: int): self._database_name = database_name @@ -47,11 +53,13 @@ class OnlineBIGSdbMLSTProfiler(BIGSdbMLSTProfiler): async def __aenter__(self): return self - async def fetch_mlst_allele_variants(self, sequence_strings: Iterable[str]) -> AsyncGenerator[Allele, Any]: + async def determine_mlst_allele_variants(self, query_sequence_strings: Iterable[str]) -> AsyncGenerator[Allele, Any]: # See https://bigsdb.pasteur.fr/api/db/pubmlst_bordetella_seqdef/schemes uri_path = "sequence" + if not isinstance(query_sequence_strings, Iterable): + raise ValueError("Invalid data type for parameter \"sequence_strings\".") - for sequence_string in sequence_strings: + for sequence_string in query_sequence_strings: async with self._http_client.post(uri_path, json={ "sequence": sequence_string, "partial_matches": True @@ -70,10 +78,11 @@ class OnlineBIGSdbMLSTProfiler(BIGSdbMLSTProfiler): for allele_loci, partial_match in partial_matches.items(): if len(partial_match) <= 0: continue - partial_match_profile = PartialAllelicMatchProfile( + partial_match_profile = AlignmentStats( percent_identity=float(partial_match["identity"]), mismatches=int(partial_match["mismatches"]), - gaps=int(partial_match["gaps"]) + gaps=int(partial_match["gaps"]), + score=int(partial_match["score"]) ) yield Allele( allele_locus=allele_loci, @@ -83,7 +92,7 @@ class OnlineBIGSdbMLSTProfiler(BIGSdbMLSTProfiler): else: raise NoBIGSdbMatchesException(self._database_name, self._schema_id) - async def fetch_mlst_st(self, alleles: Union[AsyncIterable[Allele], Iterable[Allele]]) -> MLSTProfile: + async def determine_mlst_st(self, alleles: Union[AsyncIterable[Allele], Iterable[Allele]]) -> MLSTProfile: uri_path = "designations" allele_request_dict: dict[str, list[dict[str, str]]] = defaultdict(list) if isinstance(alleles, AsyncIterable): @@ -97,7 +106,7 @@ class OnlineBIGSdbMLSTProfiler(BIGSdbMLSTProfiler): } async with self._http_client.post(uri_path, json=request_json) as response: response_json: dict = await response.json() - allele_map: dict[str, Allele] = {} + allele_set: Set[Allele] = set() response_json.setdefault("fields", dict()) schema_fields_returned: dict[str, str] = response_json["fields"] schema_fields_returned.setdefault("ST", "unknown") @@ -106,17 +115,17 @@ class OnlineBIGSdbMLSTProfiler(BIGSdbMLSTProfiler): for exact_match_locus, exact_match_alleles in schema_exact_matches.items(): if len(exact_match_alleles) > 1: raise ValueError(f"Unexpected number of alleles returned for exact match (Expected 1, retrieved {len(exact_match_alleles)})") - allele_map[exact_match_locus] = Allele(exact_match_locus, exact_match_alleles[0]["allele_id"], None) - if len(allele_map) == 0: + allele_set.add(Allele(exact_match_locus, exact_match_alleles[0]["allele_id"], None)) + if len(allele_set) == 0: raise ValueError("Passed in no alleles.") - return MLSTProfile(dict(allele_map), schema_fields_returned["ST"], schema_fields_returned["clonal_complex"]) + return MLSTProfile(allele_set, schema_fields_returned["ST"], schema_fields_returned["clonal_complex"]) - async def profile_string(self, sequence_strings: Iterable[str]) -> MLSTProfile: - alleles = self.fetch_mlst_allele_variants(sequence_strings) - return await self.fetch_mlst_st(alleles) + async def profile_string(self, query_sequence_strings: Iterable[str]) -> MLSTProfile: + alleles = self.determine_mlst_allele_variants(query_sequence_strings) + return await self.determine_mlst_st(alleles) - async def profile_multiple_strings(self, named_string_groups: AsyncIterable[Iterable[NamedString]], stop_on_fail: bool = False) -> AsyncGenerator[NamedMLSTProfile, Any]: - async for named_strings in named_string_groups: + async def profile_multiple_strings(self, query_named_string_groups: AsyncIterable[Iterable[NamedString]], stop_on_fail: bool = False) -> AsyncGenerator[NamedMLSTProfile, Any]: + async for named_strings in query_named_string_groups: for named_string in named_strings: try: yield NamedMLSTProfile(named_string.name, (await self.profile_string([named_string.sequence]))) @@ -131,20 +140,36 @@ class OnlineBIGSdbMLSTProfiler(BIGSdbMLSTProfiler): async def __aexit__(self, exc_type, exc_value, traceback): await self.close() -class LazyPersistentCachedBIGSdbMLSTProfiler(BIGSdbMLSTProfiler): - def __init__(self, database_api: str, database_name: str, schema_id: int, cache_path: str): +class LocalBIGSdbMLSTProfiler(BIGSdbMLSTProfiler): + async def __aenter__(self): + if self._prepare: + await self.update_scheme_locis() + await asyncio.gather( + self.download_alleles_cache_data(), + self.download_scheme_profiles() + ) + await self.load_scheme_profiles() + return self + + def __init__(self, database_api: str, database_name: str, schema_id: int, cache_path: Union[str, None] = None, prepare: bool =True): self._database_api = database_api self._database_name = database_name self._schema_id = schema_id - self._base_url = f"{database_api}/db/{self._database_name}/schemes/{self._schema_id}/" + self._base_url = f"{self._database_api}/db/{self._database_name}/schemes/{self._schema_id}/" self._http_client = ClientSession(self._base_url, timeout=ClientTimeout(10000)) - self._cache_path = cache_path + if cache_path is None: + self._cache_path = tempfile.mkdtemp("BIGSdb") + self._cleanup_required = True + else: + self._cache_path = cache_path + self._cleanup_required = False self._loci: list[str] = [] - self._profiles = {} + self._profiles_st_map = {} + self._prepare = prepare - async def load_scheme_locis(self): + async def update_scheme_locis(self): self._loci.clear() - async with self._http_client.get("") as schema_response: + async with self._http_client.get(f"/api/db/{self._database_name}/schemes/{self._schema_id}") as schema_response: schema_json = await schema_response.json() for locus in schema_json["loci"]: locus_name = path.basename(locus) @@ -152,14 +177,14 @@ class LazyPersistentCachedBIGSdbMLSTProfiler(BIGSdbMLSTProfiler): self._loci.sort() async def load_scheme_profiles(self): - self._profiles.clear() + self._profiles_st_map.clear() with open(self.get_scheme_profile_path()) as profile_cache_handle: reader = csv.DictReader(profile_cache_handle, delimiter="\t") for line in reader: alleles = [] for locus in self._loci: alleles.append(line[locus]) - self._profiles[tuple(alleles)] = (line["ST"], line["clonal_complex"]) + self._profiles_st_map[tuple(alleles)] = (line["ST"], line["clonal_complex"]) def get_locus_cache_path(self, locus) -> str: return path.join(self._cache_path, locus + "." + "fasta") @@ -170,8 +195,8 @@ class LazyPersistentCachedBIGSdbMLSTProfiler(BIGSdbMLSTProfiler): async def download_alleles_cache_data(self): for locus in self._loci: with open(self.get_locus_cache_path(locus), "wb") as fasta_handle: - async with self._http_client.get(f"/db/{self._database_name}/loci/{locus}/alleles_fasta") as fasta_response: - async for chunk, eof in fasta_response.content.iter_chunks(): # TODO maybe allow chunking to be configurable + async with self._http_client.get(f"/api/db/{self._database_name}/loci/{locus}/alleles_fasta") as fasta_response: + async for chunk, eof in fasta_response.content.iter_chunks(): fasta_handle.write(chunk) async def download_scheme_profiles(self): @@ -179,34 +204,41 @@ class LazyPersistentCachedBIGSdbMLSTProfiler(BIGSdbMLSTProfiler): async with self._http_client.get("profiles_csv") as profiles_response: async for chunk, eof in profiles_response.content.iter_chunks(): profile_cache_handle.write(chunk) + await self.load_scheme_profiles() - async def fetch_mlst_allele_variants(self, sequence_strings: Iterable[str]) -> AsyncGenerator[Allele, Any]: + async def determine_mlst_allele_variants(self, query_sequence_strings: Iterable[str]) -> AsyncGenerator[Allele, Any]: aligner = PairwiseAligner("blastn") aligner.mode = "local" - for sequence_string in sequence_strings: - for locus in self._loci: - async for fasta_seq in read_fasta(self.get_locus_cache_path(locus)): - allele_variant = fasta_seq.name - alignment_results = aligner.align(sequence_string, fasta_seq.sequence) - top_alignment = sorted(alignment_results)[0] - top_alignment_stats = top_alignment.counts() - top_alignment_gaps = top_alignment_stats.gaps - top_alignment_identities = top_alignment_stats.identities - top_alignment_mismatches = top_alignment_stats.mismatches - if top_alignment_gaps == 0 and top_alignment_mismatches == 0: - yield Allele(locus, allele_variant, None) + with AsyncPairwiseAlignmentEngine(aligner) as aligner_engine: + for query_sequence_string in query_sequence_strings: + for locus in self._loci: + async for allele_variant in read_fasta(self.get_locus_cache_path(locus)): + aligner_engine.align(allele_variant.sequence, query_sequence_string, variant_name=allele_variant.name, full=True) + break # start a bunch of full alignments for each variant to select segments + alignment_rankings: dict[str, set[tuple[PairwiseAlignment, str]]] = defaultdict(set) + async for alignment_result, additional_information in aligner_engine: + result_variant_name = additional_information["variant_name"] + result_locus, variant_id = result_variant_name.split("_") + full_alignment = additional_information["full"] + if full_alignment: + if alignment_result.alignment_stats.gaps == 0 and alignment_result.alignment_stats.mismatches == 0: + # I.e., 100% exactly the same + yield Allele(result_locus, variant_id, None) + continue else: - yield Allele( - locus, - allele_variant, - PartialAllelicMatchProfile( - percent_identity=top_alignment_identities/top_alignment.length, - mismatches=top_alignment_mismatches, - gaps=top_alignment_gaps - ) - ) + alignment_rankings[result_locus].add((alignment_result, variant_id)) + interest_sequence = full_alignment[alignment_result.query_indices[0]:alignment_result.query_indices[-1]] + async for allele_variant in read_fasta(self.get_locus_cache_path(result_locus)): + if result_variant_name == allele_variant.name: + continue # Skip if we just finished aligning this + aligner_engine.align(allele_variant.sequence, interest_sequence, variant_name=result_variant_name.name, full=False) + else: + alignment_rankings[result_locus].add((alignment_result, variant_id)) + for final_locus, alignments in alignment_rankings.items(): + closest_alignment, closest_variant_id = sorted(alignments, key=lambda index: index[0].alignment_stats.score)[0] + yield Allele(final_locus, closest_variant_id, closest_alignment.alignment_stats) - async def fetch_mlst_st(self, alleles): + async def determine_mlst_st(self, alleles): allele_variants: dict[str, Allele] = {} if isinstance(alleles, AsyncIterable): async for allele in alleles: @@ -218,15 +250,15 @@ class LazyPersistentCachedBIGSdbMLSTProfiler(BIGSdbMLSTProfiler): for locus in self._loci: ordered_profile.append(allele_variants[locus].allele_variant) - st, clonal_complex = self._profiles[tuple(ordered_profile)] - return MLSTProfile(allele_variants, st, clonal_complex) + st, clonal_complex = self._profiles_st_map[tuple(ordered_profile)] + return MLSTProfile(set(allele_variants.values()), st, clonal_complex) - async def profile_string(self, sequence_strings: Iterable[str]) -> MLSTProfile: - alleles = self.fetch_mlst_allele_variants(sequence_strings) - return await self.fetch_mlst_st(alleles) + async def profile_string(self, query_sequence_strings: Iterable[str]) -> MLSTProfile: + alleles = self.determine_mlst_allele_variants(query_sequence_strings) + return await self.determine_mlst_st(alleles) - async def profile_multiple_strings(self, named_string_groups: AsyncIterable[Iterable[NamedString]], stop_on_fail: bool = False) -> AsyncGenerator[NamedMLSTProfile, Any]: - async for named_strings in named_string_groups: + async def profile_multiple_strings(self, query_named_string_groups: AsyncIterable[Iterable[NamedString]], stop_on_fail: bool = False) -> AsyncGenerator[NamedMLSTProfile, Any]: + async for named_strings in query_named_string_groups: for named_string in named_strings: try: yield NamedMLSTProfile(named_string.name, await self.profile_string([named_string.sequence])) @@ -237,6 +269,8 @@ class LazyPersistentCachedBIGSdbMLSTProfiler(BIGSdbMLSTProfiler): async def close(self): await self._http_client.close() + if self._cleanup_required: + shutil.rmtree(self._cache_path) async def __aexit__(self, exc_type, exc_value, traceback): await self.close() @@ -290,12 +324,16 @@ class BIGSdbIndex(AbstractAsyncContextManager): self._seqdefdb_schemas[seqdef_db_name] = schema_descriptions return self._seqdefdb_schemas[seqdef_db_name] # type: ignore - async def build_profiler_from_seqdefdb(self, dbseqdef_name: str, schema_id: int) -> OnlineBIGSdbMLSTProfiler: - return OnlineBIGSdbMLSTProfiler(await self.get_bigsdb_api_from_seqdefdb(dbseqdef_name), dbseqdef_name, schema_id) + async def build_profiler_from_seqdefdb(self, dbseqdef_name: str, schema_id: int) -> RemoteBIGSdbMLSTProfiler: + return RemoteBIGSdbMLSTProfiler(await self.get_bigsdb_api_from_seqdefdb(dbseqdef_name), dbseqdef_name, schema_id) async def close(self): await self._http_client.close() async def __aexit__(self, exc_type, exc_value, traceback): await self.close() - + +def get_BIGSdb_MLST_profiler(local: bool, database_api: str, database_name: str, schema_id: int): + if local: + return LocalBIGSdbMLSTProfiler(database_api=database_api, database_name=database_name, schema_id=schema_id) + return RemoteBIGSdbMLSTProfiler(database_api=database_api, database_name=database_name, schema_id=schema_id) \ No newline at end of file diff --git a/src/autobigs/engine/data/structures/mlst.py b/src/autobigs/engine/data/structures/mlst.py deleted file mode 100644 index 88b173c..0000000 --- a/src/autobigs/engine/data/structures/mlst.py +++ /dev/null @@ -1,25 +0,0 @@ -from dataclasses import dataclass -from typing import Mapping, Sequence, Union - -@dataclass(frozen=True) -class PartialAllelicMatchProfile: - percent_identity: float - mismatches: int - gaps: int - -@dataclass(frozen=True) -class Allele: - allele_locus: str - allele_variant: str - partial_match_profile: Union[None, PartialAllelicMatchProfile] - -@dataclass(frozen=True) -class MLSTProfile: - alleles: Mapping[str, Allele] - sequence_type: str - clonal_complex: str - -@dataclass(frozen=True) -class NamedMLSTProfile: - name: str - mlst_profile: Union[None, MLSTProfile] \ No newline at end of file diff --git a/src/autobigs/engine/data/local/__init__.py b/src/autobigs/engine/exceptions/__init__.py similarity index 100% rename from src/autobigs/engine/data/local/__init__.py rename to src/autobigs/engine/exceptions/__init__.py diff --git a/src/autobigs/engine/data/local/fasta.py b/src/autobigs/engine/reading.py similarity index 80% rename from src/autobigs/engine/data/local/fasta.py rename to src/autobigs/engine/reading.py index 0f3a3eb..606cc74 100644 --- a/src/autobigs/engine/data/local/fasta.py +++ b/src/autobigs/engine/reading.py @@ -1,9 +1,9 @@ import asyncio from io import TextIOWrapper -from typing import Any, AsyncGenerator, Generator, Iterable, Sequence, Union +from typing import Any, AsyncGenerator, Iterable, Union from Bio import SeqIO -from autobigs.engine.data.structures.genomics import NamedString +from autobigs.engine.structures.genomics import NamedString async def read_fasta(handle: Union[str, TextIOWrapper]) -> AsyncGenerator[NamedString, Any]: fasta_sequences = asyncio.to_thread(SeqIO.parse, handle=handle, format="fasta") diff --git a/src/autobigs/engine/data/remote/__init__.py b/src/autobigs/engine/structures/__init__.py similarity index 100% rename from src/autobigs/engine/data/remote/__init__.py rename to src/autobigs/engine/structures/__init__.py diff --git a/src/autobigs/engine/structures/alignment.py b/src/autobigs/engine/structures/alignment.py new file mode 100644 index 0000000..8cfc8f9 --- /dev/null +++ b/src/autobigs/engine/structures/alignment.py @@ -0,0 +1,17 @@ +from dataclasses import dataclass +from numbers import Number + +@dataclass(frozen=True) +class AlignmentStats: + percent_identity: float + mismatches: int + gaps: int + score: int + +@dataclass(frozen=True) +class PairwiseAlignment: + reference: str + query: str + reference_indices: list[Number] + query_indices: list[Number] + alignment_stats: AlignmentStats \ No newline at end of file diff --git a/src/autobigs/engine/data/structures/genomics.py b/src/autobigs/engine/structures/genomics.py similarity index 100% rename from src/autobigs/engine/data/structures/genomics.py rename to src/autobigs/engine/structures/genomics.py diff --git a/src/autobigs/engine/structures/mlst.py b/src/autobigs/engine/structures/mlst.py new file mode 100644 index 0000000..923c57a --- /dev/null +++ b/src/autobigs/engine/structures/mlst.py @@ -0,0 +1,33 @@ +from collections import defaultdict +from dataclasses import dataclass +from typing import Collection, Iterable, Mapping, Sequence, Union + +from autobigs.engine.structures.alignment import AlignmentStats + +@dataclass(frozen=True) +class Allele: + allele_locus: str + allele_variant: str + partial_match_profile: Union[None, AlignmentStats] + +@dataclass(frozen=True) +class MLSTProfile: + alleles: Collection[Allele] + sequence_type: str + clonal_complex: str + +@dataclass(frozen=True) +class NamedMLSTProfile: + name: str + mlst_profile: Union[None, MLSTProfile] + + +def alleles_to_mapping(alleles: Iterable[Allele]): + result = defaultdict(list) + for allele in alleles: + result[allele.allele_locus].append(allele.allele_variant) + result = dict(result) + for locus, variant in result.items(): + if len(variant) == 1: + result[locus] = variant[0] + return result \ No newline at end of file diff --git a/src/autobigs/engine/data/local/csv.py b/src/autobigs/engine/writing.py similarity index 78% rename from src/autobigs/engine/data/local/csv.py rename to src/autobigs/engine/writing.py index f5476d3..fb8022f 100644 --- a/src/autobigs/engine/data/local/csv.py +++ b/src/autobigs/engine/writing.py @@ -2,19 +2,13 @@ import csv from os import PathLike from typing import AsyncIterable, Mapping, Sequence, Union -from autobigs.engine.data.structures.mlst import Allele, MLSTProfile +from autobigs.engine.structures.mlst import Allele, MLSTProfile -def dict_loci_alleles_variants_from_loci(alleles_map: Mapping[str, Sequence[Allele]]): +def dict_loci_alleles_variants_from_loci(alleles_map: Mapping[str, Allele]): result_dict: dict[str, Union[list[str], str]] = {} for loci, alleles in alleles_map.items(): - if len(alleles) == 1: - result_dict[loci] = alleles[0].allele_variant - else: - result_locis = list() - for allele in alleles: - result_locis.append(allele.allele_variant) - result_dict[loci] = result_locis + result_dict[loci] = alleles.allele_variant return result_dict diff --git a/tests/autobigs/engine/analysis/test_aligners.py b/tests/autobigs/engine/analysis/test_aligners.py new file mode 100644 index 0000000..1450814 --- /dev/null +++ b/tests/autobigs/engine/analysis/test_aligners.py @@ -0,0 +1,27 @@ +from Bio import SeqIO +from Bio.Align import PairwiseAligner +from pytest import mark +from pytest import fixture +from autobigs.engine.analysis.aligners import AsyncPairwiseAlignmentEngine +from autobigs.engine.structures.alignment import PairwiseAlignment + +@fixture +def tohamaI_bpertussis_adk(): + return str(SeqIO.read("tests/resources/tohama_I_bpertussis_adk.fasta", format="fasta").seq) + +@fixture +def tohamaI_bpertussis_genome(): + return str(SeqIO.read("tests/resources/tohama_I_bpertussis.fasta", format="fasta").seq) + +@fixture(params=[1, 2]) +def dummy_engine(request): + aligner = PairwiseAligner("blastn") + aligner.mode = "local" + with AsyncPairwiseAlignmentEngine(aligner, request.param) as engine: + yield engine + +class TestAsyncPairwiseAlignmentEngine: + async def test_single_alignment_no_errors(self, tohamaI_bpertussis_genome, tohamaI_bpertussis_adk: str, dummy_engine: AsyncPairwiseAlignmentEngine): + dummy_engine.align(tohamaI_bpertussis_genome, tohamaI_bpertussis_adk) + async for alignment, additional_information in dummy_engine: + assert isinstance(alignment, PairwiseAlignment) \ No newline at end of file diff --git a/tests/autobigs/engine/analysis/test_bigsdb.py b/tests/autobigs/engine/analysis/test_bigsdb.py new file mode 100644 index 0000000..8d0bc15 --- /dev/null +++ b/tests/autobigs/engine/analysis/test_bigsdb.py @@ -0,0 +1,210 @@ +from os import path +import random +import re +from typing import Callable, Collection, Sequence, Union +from Bio import SeqIO +import pytest +from autobigs.engine.analysis import bigsdb +from autobigs.engine.structures import mlst +from autobigs.engine.structures.genomics import NamedString +from autobigs.engine.structures.mlst import Allele, MLSTProfile +from autobigs.engine.exceptions.database import NoBIGSdbExactMatchesException, NoBIGSdbMatchesException +from autobigs.engine.analysis.bigsdb import BIGSdbIndex, BIGSdbMLSTProfiler, LocalBIGSdbMLSTProfiler, RemoteBIGSdbMLSTProfiler + +async def generate_async_iterable(normal_iterable): + for dummy_sequence in normal_iterable: + yield dummy_sequence + +def gene_scrambler(gene: str, mutation_site_count: Union[int, float], alphabet: Sequence[str] = ["A", "T", "C", "G"]): + rand = random.Random(gene) + if isinstance(mutation_site_count, float): + mutation_site_count = int(mutation_site_count * len(gene)) + random_locations = rand.choices(range(len(gene)), k=mutation_site_count) + scrambled = list(gene) + for random_location in random_locations: + scrambled[random_location] = rand.choice(alphabet) + return "".join(scrambled) + +def get_first_sequence_from_fasta(resource: str): + return str(SeqIO.read(path.join("tests/resources/", resource), "fasta").seq) + +def get_multiple_sequences_from_fasta(resource: str): + return tuple(SeqIO.parse(path.join("tests/resources/", resource), "fasta")) + +bpertussis_tohamaI_profile = MLSTProfile(( + Allele("adk", "1", None), + Allele("fumC", "1", None), + Allele("glyA", "1", None), + Allele("tyrB", "1", None), + Allele("icd", "1", None), + Allele("pepA", "1", None), + Allele("pgm", "1", None)), "1", "ST-2 complex") + +bpertussis_tohamaI_bad_profile = MLSTProfile(( + Allele("adk", "1", None), + Allele("fumC", "2", None), + Allele("glyA", "36", None), + Allele("tyrB", "4", None), + Allele("icd", "4", None), + Allele("pepA", "1", None), + Allele("pgm", "5", None), + ), "unknown", "unknown") + +hinfluenzae_fdaargos_profile = MLSTProfile(( + Allele("adk", "1", None), + Allele("atpG", "1", None), + Allele("frdB", "1", None), + Allele("fucK", "1", None), + Allele("mdh", "1", None), + Allele("pgi", "1", None), + Allele("recA", "5", None) + ), "3", "ST-3 complex") + +hinfluenzae_fdaargos_bad_profile = MLSTProfile(( + Allele("adk", "1", None), + Allele("atpG", "1", None), + Allele("frdB", "1", None), + Allele("fucK", "1", None), + Allele("mdh", "1", None), + Allele("pgi", "1", None), + Allele("recA", "5", None) + ), "3", "ST-3 complex") + +hinfluenzae_fdaargos_sequence = str(SeqIO.read("tests/resources/fdaargos_1560_hinfluenza.fasta", "fasta").seq) + +hinfluenzae_fdaargos_fragmented_sequence = tuple(SeqIO.parse("tests/resources/tohama_I_bpertussis_features.fasta", "fasta")) + +@pytest.mark.parametrize("local_db,database_api,database_name,schema_id,seq_path,feature_seqs_path,expected_profile,bad_profile", [ + (False, "https://bigsdb.pasteur.fr/api", "pubmlst_bordetella_seqdef", 3, "tohama_I_bpertussis.fasta", "tohama_I_bpertussis_features.fasta", bpertussis_tohamaI_profile, bpertussis_tohamaI_bad_profile), + (True, "https://bigsdb.pasteur.fr/api", "pubmlst_bordetella_seqdef", 3, "tohama_I_bpertussis.fasta", "tohama_I_bpertussis_features.fasta", bpertussis_tohamaI_profile, bpertussis_tohamaI_bad_profile), +]) +class TestBIGSdbMLSTProfiler: + async def test_profiling_results_in_exact_matches_when_exact(self, local_db, database_api, database_name, schema_id, seq_path: str, feature_seqs_path: str, expected_profile: MLSTProfile, bad_profile: MLSTProfile): + sequence = get_first_sequence_from_fasta(seq_path) + async with bigsdb.get_BIGSdb_MLST_profiler(local_db, database_api, database_name, schema_id) as dummy_profiler: + expected_alleles = mlst.alleles_to_mapping(expected_profile.alleles) + targets_left = set(mlst.alleles_to_mapping(expected_profile.alleles).keys()) + async for exact_match in dummy_profiler.determine_mlst_allele_variants(query_sequence_strings=[sequence]): + assert isinstance(exact_match, Allele) + assert exact_match.allele_locus in expected_alleles + assert exact_match.allele_variant == expected_alleles[exact_match.allele_locus] + targets_left.remove(exact_match.allele_locus) + + assert len(targets_left) == 0 + + async def test_sequence_profiling_non_exact_returns_non_exact(self, local_db, database_api, database_name, schema_id, seq_path: str, feature_seqs_path: str, expected_profile: MLSTProfile, bad_profile: MLSTProfile): + target_sequences = get_multiple_sequences_from_fasta(feature_seqs_path) + mlst_targets = {x.lower() for x in mlst.alleles_to_mapping(expected_profile.alleles).keys()} + async with bigsdb.get_BIGSdb_MLST_profiler(local_db, database_api, database_name, schema_id) as profiler: + for target_sequence in target_sequences: + match = re.fullmatch(r".*\[gene=([\w\d]+)\].*", target_sequence.description) + if match is None: + continue + gene = match.group(1).lower() + if gene not in mlst_targets: + continue + scrambled = gene_scrambler(str(target_sequence.seq), 0.125) + async for partial_match in profiler.determine_mlst_allele_variants([scrambled]): + assert partial_match.partial_match_profile is not None + mlst_targets.remove(gene) + + assert len(mlst_targets) == 0 + + async def test_profiling_results_in_correct_mlst_st(self, local_db, database_api, database_name, schema_id, seq_path: str, feature_seqs_path: str, expected_profile: MLSTProfile, bad_profile: MLSTProfile): + async with bigsdb.get_BIGSdb_MLST_profiler(local_db, database_api, database_name, schema_id) as dummy_profiler: + mlst_st_data = await dummy_profiler.determine_mlst_st(expected_profile.alleles) + assert mlst_st_data is not None + assert isinstance(mlst_st_data, MLSTProfile) + assert mlst_st_data.clonal_complex == expected_profile.clonal_complex + assert mlst_st_data.sequence_type == expected_profile.sequence_type + + async def test_profiling_non_exact_results_in_list_of_mlsts(self, local_db, database_api, database_name, schema_id, seq_path: str, feature_seqs_path: str, expected_profile: MLSTProfile, bad_profile: MLSTProfile): + dummy_alleles = bad_profile.alleles + async with bigsdb.get_BIGSdb_MLST_profiler(local_db, database_api, database_name, schema_id) as dummy_profiler: + mlst_profile = await dummy_profiler.determine_mlst_st(dummy_alleles) + assert mlst_profile.clonal_complex == "unknown" + assert mlst_profile.sequence_type == "unknown" + + + async def test_bigsdb_profile_multiple_strings_same_string_twice(self, local_db, database_api, database_name, schema_id, seq_path: str, feature_seqs_path: str, expected_profile: MLSTProfile, bad_profile: MLSTProfile): + sequence = get_first_sequence_from_fasta(seq_path) + dummy_sequences = [[NamedString("seq1", sequence)], [NamedString("seq2", sequence)]] + async with bigsdb.get_BIGSdb_MLST_profiler(local_db, database_api, database_name, schema_id) as dummy_profiler: + async for named_profile in dummy_profiler.profile_multiple_strings(generate_async_iterable(dummy_sequences)): + name, profile = named_profile.name, named_profile.mlst_profile + assert profile is not None + assert isinstance(profile, MLSTProfile) + assert profile.clonal_complex == expected_profile.clonal_complex + assert profile.sequence_type == expected_profile.sequence_type + + async def test_bigsdb_profile_multiple_strings_exactmatch_fail_second_no_stop(self, local_db, database_api, database_name, schema_id, seq_path: str, feature_seqs_path: str, expected_profile: MLSTProfile, bad_profile: MLSTProfile): + valid_seq = get_first_sequence_from_fasta(seq_path) + dummy_sequences = [[NamedString("seq1", valid_seq)], [NamedString("should_fail", gene_scrambler(valid_seq, 0.3))], [NamedString("seq3", valid_seq)]] + async with bigsdb.get_BIGSdb_MLST_profiler(local_db, database_api, database_name, schema_id) as dummy_profiler: + async for name_profile in dummy_profiler.profile_multiple_strings(generate_async_iterable(dummy_sequences), True): + name, profile = name_profile.name, name_profile.mlst_profile + + assert profile is not None + if name == "should_fail": + assert profile.clonal_complex == "unknown" + assert profile.sequence_type == "unknown" + assert len(profile.alleles) > 0 + else: + assert isinstance(profile, MLSTProfile) + assert profile.clonal_complex == expected_profile.clonal_complex + assert profile.sequence_type == expected_profile.sequence_type + + async def test_bigsdb_profile_multiple_strings_nonexact_second_no_stop(self, local_db, database_api, database_name, schema_id, seq_path: str, feature_seqs_path: str, expected_profile: MLSTProfile, bad_profile: MLSTProfile): + valid_seq = get_first_sequence_from_fasta(seq_path) + dummy_sequences = [[NamedString("seq1", valid_seq)], [NamedString("should_fail", gene_scrambler(valid_seq, 0.3))], [NamedString("seq3", valid_seq)]] + + async with bigsdb.get_BIGSdb_MLST_profiler(local_db, database_api, database_name, schema_id) as dummy_profiler: + async for named_profile in dummy_profiler.profile_multiple_strings(generate_async_iterable(dummy_sequences), False): + name, profile = named_profile.name, named_profile.mlst_profile + + assert profile is not None + if name == "should_fail": + assert profile.clonal_complex == "unknown" + assert profile.sequence_type == "unknown" + assert len(profile.alleles) > 0 + else: + assert isinstance(profile, MLSTProfile) + assert profile.clonal_complex == expected_profile.clonal_complex + assert profile.sequence_type == expected_profile.sequence_type + +class TestBIGSdbIndex: + + async def test_bigsdb_index_all_databases_is_not_empty(self): + async with BIGSdbIndex() as bigsdb_index: + assert len(await bigsdb_index.get_known_seqdef_dbs()) > 0 + + async def test_bigsdb_index_references_pubmlst_correctly(self): + async with BIGSdbIndex() as bigsdb_index: + assert (await bigsdb_index.get_bigsdb_api_from_seqdefdb("pubmlst_hinfluenzae_seqdef")) == "https://rest.pubmlst.org" + + async def test_bigsdb_index_references_institutpasteur_correctly(self): + async with BIGSdbIndex() as bigsdb_index: + assert (await bigsdb_index.get_bigsdb_api_from_seqdefdb("pubmlst_bordetella_seqdef")) == "https://bigsdb.pasteur.fr/api" + + async def test_bigsdb_index_get_schemas_for_bordetella(self): + async with BIGSdbIndex() as index: + schemas = await index.get_schemas_for_seqdefdb(seqdef_db_name="pubmlst_bordetella_seqdef") + assert len(schemas.keys()) > 0 + assert "MLST" in schemas + assert isinstance(schemas["MLST"], int) + + async def test_bigsdb_index_get_databases_has_only_seqdef(self): + async with BIGSdbIndex() as index: + databases = await index.get_known_seqdef_dbs() + assert len(databases.keys()) > 0 + for database_name in databases.keys(): + assert database_name.endswith("seqdef") + assert databases["pubmlst_bordetella_seqdef"] == "https://bigsdb.pasteur.fr/api" + + async def test_bigsdb_index_instantiates_correct_profiler(self): + sequence = str(SeqIO.read("tests/resources/tohama_I_bpertussis.fasta", "fasta").seq) + async with BIGSdbIndex() as bigsdb_index: + async with await bigsdb_index.build_profiler_from_seqdefdb("pubmlst_bordetella_seqdef", 3) as profiler: + profile = await profiler.profile_string(sequence) + assert profile.clonal_complex == "ST-2 complex" + assert profile.sequence_type == "1" diff --git a/tests/autobigs/engine/data/local/test_csv.py b/tests/autobigs/engine/data/local/test_csv.py deleted file mode 100644 index 084df9e..0000000 --- a/tests/autobigs/engine/data/local/test_csv.py +++ /dev/null @@ -1,21 +0,0 @@ -from autobigs.engine.data.local.csv import dict_loci_alleles_variants_from_loci -from autobigs.engine.data.structures.mlst import Allele - - -def test_dict_loci_alleles_variants_from_loci_single_loci_not_list(): - alleles_map = { - "adk": [Allele("adk", "1", None)] - } - results = dict_loci_alleles_variants_from_loci(alleles_map) - for loci, variant in results.items(): - assert isinstance(variant, str) - assert variant == "1" - -def test_dict_loci_alleles_variants_from_loci_multi_loci_is_list(): - alleles_map = { - "adk": [Allele("adk", "1", None), Allele("adk", "2", None)] - } - results = dict_loci_alleles_variants_from_loci(alleles_map) - for loci, variant in results.items(): - assert isinstance(variant, list) - assert len(variant) == 2 \ No newline at end of file diff --git a/tests/autobigs/engine/data/remote/databases/test_bigsdb.py b/tests/autobigs/engine/data/remote/databases/test_bigsdb.py deleted file mode 100644 index 74414a8..0000000 --- a/tests/autobigs/engine/data/remote/databases/test_bigsdb.py +++ /dev/null @@ -1,249 +0,0 @@ -import random -import re -from typing import Collection, Sequence, Union -from Bio import SeqIO -import pytest -from autobigs.engine.data.structures.genomics import NamedString -from autobigs.engine.data.structures.mlst import Allele, MLSTProfile -from autobigs.engine.exceptions.database import NoBIGSdbExactMatchesException, NoBIGSdbMatchesException -from autobigs.engine.data.remote.databases.bigsdb import BIGSdbIndex, OnlineBIGSdbMLSTProfiler - -def gene_scrambler(gene: str, mutation_site_count: Union[int, float], alphabet: Sequence[str] = ["A", "T", "C", "G"]): - rand = random.Random(gene) - if isinstance(mutation_site_count, float): - mutation_site_count = int(mutation_site_count * len(gene)) - random_locations = rand.choices(range(len(gene)), k=mutation_site_count) - scrambled = list(gene) - for random_location in random_locations: - scrambled[random_location] = rand.choice(alphabet) - return "".join(scrambled) - -async def test_institutpasteur_profiling_results_in_exact_matches_when_exact(): - sequence = str(SeqIO.read("tests/resources/tohama_I_bpertussis.fasta", "fasta").seq) - async with OnlineBIGSdbMLSTProfiler(database_api="https://bigsdb.pasteur.fr/api", database_name="pubmlst_bordetella_seqdef", schema_id=3) as dummy_profiler: - targets_left = {"adk", "fumC", "glyA", "tyrB", "icd", "pepA", "pgm"} - async for exact_match in dummy_profiler.fetch_mlst_allele_variants(sequence_strings=[sequence]): - assert isinstance(exact_match, Allele) - assert exact_match.allele_variant == '1' # All of Tohama I has allele id I - targets_left.remove(exact_match.allele_locus) - - assert len(targets_left) == 0 - -async def test_institutpasteur_sequence_profiling_non_exact_returns_non_exact(): - sequences = list(SeqIO.parse("tests/resources/tohama_I_bpertussis_coding.fasta", "fasta")) - mlst_targets = {"adk", "fumc", "glya", "tyrb", "icd", "pepa", "pgm"} - async with OnlineBIGSdbMLSTProfiler(database_api="https://bigsdb.pasteur.fr/api", database_name="pubmlst_bordetella_seqdef", schema_id=3) as profiler: - for sequence in sequences: - match = re.fullmatch(r".*\[gene=([\w\d]+)\].*", sequence.description) - if match is None: - continue - gene = match.group(1) - if gene.lower() not in mlst_targets: - continue - scrambled = gene_scrambler(str(sequence.seq), 0.125) - async for partial_match in profiler.fetch_mlst_allele_variants(scrambled): - assert partial_match.partial_match_profile is not None - mlst_targets.remove(gene.lower()) - - assert len(mlst_targets) == 0 - -async def test_institutpasteur_profiling_results_in_correct_mlst_st(): - async def dummy_allele_generator(): - dummy_alleles = [ - Allele("adk", "1", None), - Allele("fumC", "1", None), - Allele("glyA", "1", None), - Allele("tyrB", "1", None), - Allele("icd", "1", None), - Allele("pepA", "1", None), - Allele("pgm", "1", None), - ] - for dummy_allele in dummy_alleles: - yield dummy_allele - async with OnlineBIGSdbMLSTProfiler(database_api="https://bigsdb.pasteur.fr/api", database_name="pubmlst_bordetella_seqdef", schema_id=3) as dummy_profiler: - mlst_st_data = await dummy_profiler.fetch_mlst_st(dummy_allele_generator()) - assert mlst_st_data is not None - assert isinstance(mlst_st_data, MLSTProfile) - assert mlst_st_data.clonal_complex == "ST-2 complex" - assert mlst_st_data.sequence_type == "1" - -async def test_institutpasteur_profiling_non_exact_results_in_list_of_mlsts(): - dummy_alleles = [ - Allele("adk", "1", None), - Allele("fumC", "2", None), - Allele("glyA", "36", None), - Allele("tyrB", "4", None), - Allele("icd", "4", None), - Allele("pepA", "1", None), - Allele("pgm", "5", None), - ] - async with OnlineBIGSdbMLSTProfiler(database_api="https://bigsdb.pasteur.fr/api", database_name="pubmlst_bordetella_seqdef", schema_id=3) as dummy_profiler: - mlst_profile = await dummy_profiler.fetch_mlst_st(dummy_alleles) - assert mlst_profile.clonal_complex == "unknown" - assert mlst_profile.sequence_type == "unknown" - - -async def test_institutpasteur_sequence_profiling_is_correct(): - sequence = str(SeqIO.read("tests/resources/tohama_I_bpertussis.fasta", "fasta").seq) - async with OnlineBIGSdbMLSTProfiler(database_api="https://bigsdb.pasteur.fr/api", database_name="pubmlst_bordetella_seqdef", schema_id=3) as dummy_profiler: - profile = await dummy_profiler.profile_string(sequence) - assert profile is not None - assert isinstance(profile, MLSTProfile) - assert profile.clonal_complex == "ST-2 complex" - assert profile.sequence_type == "1" - - -async def test_pubmlst_profiling_results_in_exact_matches_when_exact(): - dummy_alleles = { - Allele("adk", "1", None), - Allele("atpG", "1", None), - Allele("frdB", "1", None), - Allele("fucK", "1", None), - Allele("mdh", "1", None), - Allele("pgi", "1", None), - Allele("recA", "5", None), - } - sequence = str(SeqIO.read("tests/resources/FDAARGOS_1560.fasta", "fasta").seq) - async with OnlineBIGSdbMLSTProfiler(database_api="https://rest.pubmlst.org/", database_name="pubmlst_hinfluenzae_seqdef", schema_id=1) as dummy_profiler: - exact_matches = dummy_profiler.fetch_mlst_allele_variants(sequence_strings=sequence) - async for exact_match in exact_matches: - assert isinstance(exact_match, Allele) - dummy_alleles.remove(exact_match) - - assert len(dummy_alleles) == 0 - -async def test_pubmlst_profiling_results_in_correct_st(): - async def generate_dummy_targets(): - dummy_alleles = [ - Allele("adk", "1", None), - Allele("atpG", "1", None), - Allele("frdB", "1", None), - Allele("fucK", "1", None), - Allele("mdh", "1", None), - Allele("pgi", "1", None), - Allele("recA", "5", None), - ] - for dummy_allele in dummy_alleles: - yield dummy_allele - async with OnlineBIGSdbMLSTProfiler(database_api="https://rest.pubmlst.org/", database_name="pubmlst_hinfluenzae_seqdef", schema_id=1) as dummy_profiler: - mlst_st_data = await dummy_profiler.fetch_mlst_st(generate_dummy_targets()) - assert mlst_st_data is not None - assert isinstance(mlst_st_data, MLSTProfile) - assert mlst_st_data.clonal_complex == "ST-3 complex" - assert mlst_st_data.sequence_type == "3" - -async def test_pubmlst_sequence_profiling_is_correct(): - sequence = str(SeqIO.read("tests/resources/FDAARGOS_1560.fasta", "fasta").seq) - async with OnlineBIGSdbMLSTProfiler(database_api="https://rest.pubmlst.org/", database_name="pubmlst_hinfluenzae_seqdef", schema_id=1) as dummy_profiler: - profile = await dummy_profiler.profile_string(sequence) - assert profile is not None - assert isinstance(profile, MLSTProfile) - assert profile.clonal_complex == "ST-3 complex" - assert profile.sequence_type == "3" - -async def test_bigsdb_index_all_databases_is_not_empty(): - async with BIGSdbIndex() as bigsdb_index: - assert len(await bigsdb_index.get_known_seqdef_dbs()) > 0 - -async def test_bigsdb_index_references_pubmlst_correctly(): - async with BIGSdbIndex() as bigsdb_index: - assert (await bigsdb_index.get_bigsdb_api_from_seqdefdb("pubmlst_hinfluenzae_seqdef")) == "https://rest.pubmlst.org" - -async def test_bigsdb_index_references_institutpasteur_correctly(): - async with BIGSdbIndex() as bigsdb_index: - assert (await bigsdb_index.get_bigsdb_api_from_seqdefdb("pubmlst_bordetella_seqdef")) == "https://bigsdb.pasteur.fr/api" - - -async def test_bigsdb_index_instantiates_correct_profiler(): - sequence = str(SeqIO.read("tests/resources/tohama_I_bpertussis.fasta", "fasta").seq) - async with BIGSdbIndex() as bigsdb_index: - async with await bigsdb_index.build_profiler_from_seqdefdb("pubmlst_bordetella_seqdef", 3) as profiler: - profile = await profiler.profile_string(sequence) - assert profile.clonal_complex == "ST-2 complex" - assert profile.sequence_type == "1" - -async def test_bigsdb_profile_multiple_strings_same_string_twice(): - sequence = str(SeqIO.read("tests/resources/tohama_I_bpertussis.fasta", "fasta").seq) - dummy_sequences = [NamedString("seq1", sequence), NamedString("seq2", sequence)] - async def generate_async_iterable_sequences(): - for dummy_sequence in dummy_sequences: - yield [dummy_sequence] - async with OnlineBIGSdbMLSTProfiler(database_api="https://bigsdb.pasteur.fr/api", database_name="pubmlst_bordetella_seqdef", schema_id=3) as dummy_profiler: - async for named_profile in dummy_profiler.profile_multiple_strings(generate_async_iterable_sequences()): - name, profile = named_profile.name, named_profile.mlst_profile - assert profile is not None - assert isinstance(profile, MLSTProfile) - assert profile.clonal_complex == "ST-2 complex" - assert profile.sequence_type == "1" - -async def test_bigsdb_profile_multiple_strings_exactmatch_fail_second_no_stop(): - valid_seq = str(SeqIO.read("tests/resources/tohama_I_bpertussis.fasta", "fasta").seq) - dummy_sequences = [NamedString("seq1", valid_seq), NamedString("should_fail", gene_scrambler(valid_seq, 0.3)), NamedString("seq3", valid_seq)] - async def generate_async_iterable_sequences(): - for dummy_sequence in dummy_sequences: - yield [dummy_sequence] - async with OnlineBIGSdbMLSTProfiler(database_api="https://bigsdb.pasteur.fr/api", database_name="pubmlst_bordetella_seqdef", schema_id=3) as dummy_profiler: - async for name_profile in dummy_profiler.profile_multiple_strings(generate_async_iterable_sequences(), True): - name, profile = name_profile.name, name_profile.mlst_profile - - if name == "should_fail": - assert profile is None - else: - assert profile is not None - assert isinstance(profile, MLSTProfile) - assert profile.clonal_complex == "ST-2 complex" - assert profile.sequence_type == "1" - -async def test_bigsdb_profile_multiple_strings_nonexact_second_no_stop(): - valid_seq = str(SeqIO.read("tests/resources/tohama_I_bpertussis.fasta", "fasta").seq) - dummy_sequences = [NamedString("seq1", valid_seq), NamedString("should_fail", gene_scrambler(valid_seq, 0.3)), NamedString("seq3", valid_seq)] - async def generate_async_iterable_sequences(): - for dummy_sequence in dummy_sequences: - yield [dummy_sequence] - async with OnlineBIGSdbMLSTProfiler(database_api="https://bigsdb.pasteur.fr/api", database_name="pubmlst_bordetella_seqdef", schema_id=3) as dummy_profiler: - async for named_profile in dummy_profiler.profile_multiple_strings(generate_async_iterable_sequences(), False): - name, profile = named_profile.name, named_profile.mlst_profile - if name == "should_fail": - assert profile is not None - assert profile.clonal_complex == "unknown" - assert profile.sequence_type == "unknown" - assert len(profile.alleles) > 0 - else: - assert profile is not None - assert isinstance(profile, MLSTProfile) - assert profile.clonal_complex == "ST-2 complex" - assert profile.sequence_type == "1" - -async def test_bigsdb_profile_multiple_strings_fail_second_stop(): - valid_seq = str(SeqIO.read("tests/resources/tohama_I_bpertussis.fasta", "fasta").seq) - invalid_seq = str(SeqIO.read("tests/resources/FDAARGOS_1560.fasta", "fasta").seq) - dummy_sequences = [NamedString("seq1", valid_seq), NamedString("should_fail", invalid_seq), NamedString("seq3", valid_seq)] - async def generate_async_iterable_sequences(): - for dummy_sequence in dummy_sequences: - yield [dummy_sequence] - async with OnlineBIGSdbMLSTProfiler(database_api="https://bigsdb.pasteur.fr/api", database_name="pubmlst_bordetella_seqdef", schema_id=3) as dummy_profiler: - with pytest.raises(NoBIGSdbMatchesException): - async for named_profile in dummy_profiler.profile_multiple_strings(generate_async_iterable_sequences(), stop_on_fail=True): - name, profile = named_profile.name, named_profile.mlst_profile - if name == "should_fail": - pytest.fail("Exception should have been thrown, no exception was thrown.") - else: - assert profile is not None - assert isinstance(profile, MLSTProfile) - assert profile.clonal_complex == "ST-2 complex" - assert profile.sequence_type == "1" - -async def test_bigsdb_index_get_schemas_for_bordetella(): - async with BIGSdbIndex() as index: - schemas = await index.get_schemas_for_seqdefdb(seqdef_db_name="pubmlst_bordetella_seqdef") - assert len(schemas.keys()) > 0 - assert "MLST" in schemas - assert isinstance(schemas["MLST"], int) - -async def test_bigsdb_index_get_databases_has_only_seqdef(): - async with BIGSdbIndex() as index: - databases = await index.get_known_seqdef_dbs() - assert len(databases.keys()) > 0 - for database_name in databases.keys(): - assert database_name.endswith("seqdef") - assert databases["pubmlst_bordetella_seqdef"] == "https://bigsdb.pasteur.fr/api" \ No newline at end of file diff --git a/tests/autobigs/engine/data/local/test_fasta.py b/tests/autobigs/engine/test_reading.py similarity index 79% rename from tests/autobigs/engine/data/local/test_fasta.py rename to tests/autobigs/engine/test_reading.py index afbd0e3..dc7e51c 100644 --- a/tests/autobigs/engine/data/local/test_fasta.py +++ b/tests/autobigs/engine/test_reading.py @@ -1,4 +1,4 @@ -from autobigs.engine.data.local.fasta import read_fasta +from autobigs.engine.reading import read_fasta async def test_fasta_reader_not_none(): diff --git a/src/autobigs/engine/data/structures/__init__.py b/tests/autobigs/engine/test_writing.py similarity index 100% rename from src/autobigs/engine/data/structures/__init__.py rename to tests/autobigs/engine/test_writing.py diff --git a/tests/resources/FDAARGOS_1560.fasta b/tests/resources/fdaargos_1560_hinfluenza.fasta similarity index 100% rename from tests/resources/FDAARGOS_1560.fasta rename to tests/resources/fdaargos_1560_hinfluenza.fasta diff --git a/tests/resources/fdaargos_1560_hinfluenza_features.fasta b/tests/resources/fdaargos_1560_hinfluenza_features.fasta new file mode 100644 index 0000000..c393fa1 --- /dev/null +++ b/tests/resources/fdaargos_1560_hinfluenza_features.fasta @@ -0,0 +1,27246 @@ +>lcl|CP085952.1_gene_1 [locus_tag=LK401_00005] 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